动物的基因组数据
迄今为止的调查和针对性研究的证据表明，在蝙蝠和穿山甲中发现了与SARS-CoV-2关系最密切的冠状病毒。样本病毒与SARS-CoV-2的基因序列具有高度相似性，提示上述哺乳动物可能是导致COVID-19的病毒的贮主。然而，到目前为止，从99个物种中发现的病毒与SARS-CoV-2的相似度都不足以使其成为SARS-CoV-2的直接祖先。除了这些发现，水貂和猫对SARS-CoV-2的高度易感性表明，可能还有其他动物物种（鼬科或猫科动物，以及其他物种）是潜在的贮主。将序列数据库中的数据与潜在贮主物种调查中的数据进行比较后发现，这些可能的贮主物种的标本采集严重不足。
对病毒基因组和大流行早期流行病学数据的分析
联合团队回顾了通过中国国家生物信息中心在其包含所有可用冠状病毒序列和元数据的综合数据库中收集的数据。选择了2019年12月和2020年1月收集的样本的所有序列数据进行深入分析，回顾了病毒在大流行第一阶段的多样性。对于在中国武汉发现的病例，将其数据与流行病学背景相联系后选择12月31日前发病的病例。最终分析结果显示，在暴露于华南海鲜市场的病例中，有几例病例的病毒基因组是相同的，说明这些病例可能是某个聚集病例群的一部分。但序列数据也显示，武汉市大流行初期就已经存在一定的病毒多样性，说明在华南海鲜市场群之外还有未采样的传播链。从生肉暴露或毛皮动物暴露的流行病学参数来看，没有明显的病例聚集现象。
根据早期序列数据估计到最近共同祖先的时间
此外，通过分析来估计终末数据集中SARS-CoV-2序列到最近的共同祖先的时间（tMRCA），并与之前的研究结果进行比较。这样的tMRCA分析可以被认为是估计的，并不能提供起源时间的确切证明。分子序列数据分析表明大流行的开始时间可能在12月中旬之前的某个月。估计的时间点从9月下旬到12月上旬不等，但大多数估计点在11月中旬到12月上旬之间。
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