一般情况下，真菌不会侵犯正常角膜，但当眼外伤、手术或长期局部使用抗生素、皮质类固醇以及机体抵抗力下降或角膜炎症后及干眼症等，可使非致病的真菌变为致病菌，引起角膜继发性真菌感染;或当角膜被真菌污染的农作物如谷物、枯草、树枝等擦伤及角膜异物挑除后引起真菌感染。常见的致病菌以曲霉菌多见，其次是镰刀菌、白色念珠菌、头芽孢菌及链丝菌等。
1.一般特性 真菌是一种真核细胞微生物，细胞结构较完整，有细胞壁及完整的核。
真菌分为单细胞与多细胞两类。单细胞真菌呈圆形或卵圆形，常见于酵母菌类，以出芽方式繁殖。多细胞真菌大多长出菌丝与孢子。有些真菌可因环境条件的改变，两种形态互相转变，称二相性真菌，如球孢子菌等。各类真菌都可侵犯角膜，丝状菌是角膜的主要致病菌。各种多细胞真菌的菌丝与孢子形态不同，是鉴别真菌的重要标志。
真菌培养的要求不高，常用Sabouraud培养基就可生长，一般1～2周就可形成典型菌落。
2. 致病性 真菌感染角膜有3种途径：
(1)外源性：常有植物、泥土外伤史。
(2)眼附属器的感染蔓延。
(3)内源性：身体其他部位深部真菌感染，血行扩散。大多数学者认为真菌是一种条件致病菌，因为正常结膜囊内可以培养出真菌，检查阳性率高达27％，但不发病，只有长期使用抗生素，致结膜囊内菌群失调或长期应用糖皮质激素，使局部免疫力低下以及角膜的外伤等情况下，才引起真菌性角膜炎。
3.正常角膜 即使将培养的真菌液滴入眼内，也不会引起FK，只有在角膜上皮遭到损伤或眼部免疫功能低下的情况下，才会引起真菌机会感染。常见的发病危险因素有以下几种：
(1)植物性眼外伤：以稻谷伤最常见，其次是植物枝叶擦伤和尘埃、泥土、砂石等异物所致。
(2)糖皮质激素滴眼：长期应用不但可引起角膜表层点状糜烂，促进结膜囊内真菌异常增殖，还可导致眼部免疫功能低下，引起真菌的机会性感染。
(3)广谱抗菌药应用：长期局部和全身应用抗菌药，可引起结膜囊内菌交替症发生，促进真菌生长。
(4)配戴角膜接触镜(软性角膜接触镜和0K镜)可直接因为角膜上皮糜烂或上皮擦伤引起真菌感染，也可以通过被真菌污染的保存液或清洁液引起感染。
(5)长期抗癌药和免疫抑制药的全身应用可造成宿主免疫功能低下，导致真菌的机会感染发生。
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