根据年龄与性别检查：
儿童患者吞咽困难，常为先天性食管疾病或食管异物引起；
中年以上患者的吞吞咽困难患者咽困难症状逐渐加重者，应首先考虑食管癌，多见于男性；缺铁性吞咽困难患者绝大多数为女性，多伴有缺铁性贫血的其他临床症状。
实验室检查：
饮水试验患者取坐位，将听诊器放置于患者剑突与左肋弓之间，嘱饮水一口，正常人在8～10s后可听到喷射性杂音，如有食管梗阻或运动障碍，则听不到声音或延迟出现，梗阻严重者甚至可将水呕出。此方法简单易行，可作为初步鉴别食管有无梗阻的方法。
食管滴酸试验对诊断食管炎或食管溃疡有重要帮助。患者取坐位，导入鼻胃管固定于距外鼻孔30cm处，先滴注生理盐水，每分钟10～12ml，15min后，再以同样速度滴注0.1N盐酸，食管炎或溃疡患者一般在15min内出现胸骨后烧灼样疼痛或不适，再换用生理盐水滴注，疼痛逐渐缓解。
食管24小时pH监测食管腔内行24小时pH监测，对诊断酸性或碱性反流有重要帮助。
进行有关免疫学及肿瘤标志物的检查。
其他辅助检查：
线检查X线胸部平片可了解纵隔有无占位性病变压迫食管及食管有无异物等；食管X线钡餐检查可观察钡剂有无滞留，以判断病变为梗阻性或肌蠕动失常性。必要时采用气钡双重吞咽困难胸片造影了解食管黏膜皱襞改变。内镜及活组织检查可直接观察到食管病变，如食管黏膜充血、水肿、糜烂、溃疡或息肉、癌肿等；可观察食管有无狭窄或局限性扩张、有无贲门失弛缓等。胃镜下行活组织病理检查，对鉴别食管溃疡、良性肿瘤与食管癌有重要意义。
食管测压食管测压可判断食管运动功能状态，一般采用导管侧孔低压灌水测压法。正常食管下括约肌(LES)基础压力在12～20mmHg，LES压力/胃内压>1.0，如压力≤10mmHg、LES压力/胃内压<0.8，提示胃食管反流。但人们发现胃食管反流者与正常人LES压值多有重叠，后多改用导管抽出法测压，取呼气末期LES压值为准。食管贲门失弛缓症患者测压仅见非蠕动性小收缩波，吞咽动作后无明显蠕动收缩波；而食管痉挛患者可测出强的食管收缩波，LES弛缓功能良好。
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