通常，诊断囊型包虫病的方法多可用于诊断泡型包虫病。血清IgE因棘球蚴消失逐渐下降，其测定可用作疗效考核。应用酶标记的抗包虫囊液抗原单克隆抗体作竞争性酶联免疫吸附试验（C-ELISA）是特异性高、稳定性较好、操作简便的新方法。酶联免疫印渍技术（ELIB）用带有细粒棘球绦虫和多房棘球绦虫抗原决定簇的硝酸纤维膜检测包虫病具有敏感、特异、重复性好等特点，同时，ELIB无需分离纯化抗原。
Knoblocn等（1988）从棘球蚴囊液分离到分子量为20000和48000两个糖蛋白抗原，对包虫病特异性强，分子量20000的抗原还能鉴别诊断出泡型包虫病和囊型包虫病。故可用于上述两种包虫病的鉴别诊断。
PCR技术结合精细针吸活检技术，利用RT-PCR检测病变组织Em特异的mRNA，作为诊断和疗效考核的依据，以弥补传统的影像学及血清学诊断方法的不足。RT-PCR基因诊断较Northern杂交，原位杂交分辨率高、快速、简便，适于分辨器紧密相关的转录物而不依赖其丰度，结果不受DNA变异的影响，是一种具高度特异性和敏感性的检测技术。
二、肝包虫病影像检查
（1）X线检查：较大的肝囊型包虫病或肝泡型包虫病均显肝影增大，右膈升高和活动受限。位于肝顶部者见右膈呈半球状或波浪形隆起，破入脑内显示右下胸膜炎，液气胸或肺实质炎征象，可作气腹造影鉴别膈上或膈下病变。肝囊型包虫钙化影呈圆形或椭圆形，泡型包虫则显示弥散性丛点状或小圈形钙化影。
（2）肝超声波检查：B型超声断层检查，囊型包虫显示边界明确的液性暗区，其内所见光点或小光团为子囊；泡型包虫则显示密集光点，并见大小不等的光团，底光带多不清晰。
（3）CT、MRI：囊型和泡型包虫均显占位性病变及显示病变的部位和范围。
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