霉菌性阴道炎是由霉菌感染引起的。约80~90%的霉菌性阴道炎是由白色念珠菌感染引起的。

在正常情况下，女性阴道中有许多常住菌，可以起到防御作用，维持女性阴道的正常环境。阴道上皮在雌激素的影响下发生保护性增生，并在细胞中储存大量糖原。由于酶和阴道菌群的作用，这些糖原酵解产生乳酸，保持阴道酸性，使阴道ph值保持在4-5。这种环境能抑制大多数细菌的生长，起到阴道自净的作用。但在手术创伤、分娩、流产、大量免疫抑制剂和抗生素的应用下，阴道内这些正常菌群失衡，导致阴道炎。

阴道ph值为5.5，最适合霉菌繁殖。正常女性阴道10%至20%可能有少量白色念珠菌，但不会引起症状。只有当身体抵抗力低下，念珠菌达到相当数量时，才会导致霉菌性阴道炎。使用免疫抑制药物的患者容易患霉菌性阴道炎。由于阴道上皮细胞糖原增多、酸性增强、霉菌快速繁殖引起的霉菌性阴道炎，孕妇、糖尿病和雌激素治疗患者。长期使用广谱抗生素和肾上腺皮质激素的女性，会使身体菌群紊乱，导致霉菌性阴道炎。霉菌性阴道炎也可由性传播引起。

中医认为，霉菌性阴道炎是由湿热之邪侵入下焦，或脾虚生湿，湿浊蒸下焦，霉菌产生而发病。