阿拉善左旗妇幼保健院始建于1952年6月，前身为阿拉善自治区妇幼保健站，1982年6月由阿拉善左旗妇幼保健站和阿拉善左旗巴彦浩特镇妇幼保健站（即阿拉善自治区妇幼保健站）合并为阿拉善左旗妇幼保健所，1997年10月挂牌成立阿拉善左旗妇幼保健院，是盟、旗、镇三级政府所在地唯一一所旗级妇幼保健机构，是全盟唯一一家获取“爱婴医院”殊荣的医疗卫生单位。2015年7月阿拉善左旗妇幼保健院与阿拉善左旗计划生育生殖健康服务中心合并为阿拉善左旗妇幼保健计划生育服务中心，同时保留原阿拉善左旗妇幼保健院牌子，2016年1月被国家卫生计划生育委员会授予国家级妇幼健康优质服务示范县荣誉称号。
