六、头颈部肿癌，质子治疗用于鼻咽与口腔，可使口腔、下咽及食道降低或甚至无放射量，降低放射治疗对于口腔黏膜及喉咙的伤害，可降低疼痛、口干的副作用；减少舌头味蕾的伤害而保留味觉；减少放置灌食管的需要等。

七、妇科肿癌，质子治疗可以减少小肠、大肠及卵巢接受的放射剂量，降低腹泻等大小肠的副作用，及减少放射对于内分泌功能的影响。

八、儿童肿瘤，质子治疗能够大幅降低散射的中低放射剂量，减少对于小孩子成长发育的影响，对孩子未来发展非常重要，且能降低次发性肿瘤的发生机率。

九、胰脏癌，质子治疗可以减少肝脏、肾脏及肠胃道接受的放射剂量，减少放射线对于肝功能的影响，减少肾脏功能的影响，及降低肠胃道的副作用。