肺炎衣原体感染应该做血象、病原学检查及免疫学检查等，具体如下。
一、血象
患者血白细胞计数多正常，重症患者可升高，血沉多增快。
二、病原学检查
病原学检查是确诊本病的可靠方法，临床诊断不常用。
1、直接涂片：涂片后用Giemsa或免疫荧光单克隆抗体染色，检测肺炎衣原体包涵体及原体，方法简便，但阳性率低。
2、组织培养法：鸡胚卵黄囊接种因检出阳性率低已少用，可用细胞培养法，取咽拭子或采集下呼吸道标本，用HEP-2细胞（喉癌细胞）或Hela229细胞培养24h，再用肺炎衣原体特异性单克隆抗体染色，检测特异性包涵体，方法较繁杂，且较其他衣原体检出率低。
三、免疫学检查
1、直接免疫荧光法：用肺炎衣原体单克隆抗体染色，直接免疫荧光法检测肺炎衣原体抗原，方法特异敏感且快速简便。
2、微量免疫荧光（MIF）法：检测肺炎衣原体抗体，特异性IgM滴度≥1∶16和（或）IgG≥l∶512或双份血清滴度4倍以上升高者，均可诊断急性感染，如IgM≤1∶16或IgG≤1∶512，则为既往感染，本方法特异性敏感性均较高，且可用于区分原发感染和再感染，是目前最常用且最敏感的血清学方法，但要排除血循环中类风湿因子的影响。
3、补体结合抗体检测：滴度≥l∶64和（或）双份血清滴度4倍以上升高者，均可诊断急性感染，但不能用于早期诊断，亦不能区分为哪种衣原体感染。
四、PCR法
检测肺炎衣原体DNA，敏感性更高，且可和其他种衣原体区分，其特异性敏感性高于其他方法，据统计，PCR法检出率为50％～55％，而直接免疫荧光法及涂片法分别为24％～27％和6％～10％，用连接聚合酶链反应（LCR）检测，可进一步提高灵敏性及检出率，但尚未在临床应用，据报告，PCR-EIA法是一种快速，简便的酶免疫测定法，能提高PCR对肺炎衣原体DNA的扩增检测效率，优于PCR法，更优于培养法。
五、肺部X线检查
肺部X线检查呈非典型肺炎表现，常为单侧阶段性肺炎表现，严重者病变广泛甚至波及双肺，可伴有胸膜炎或胸腔积液。
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