3、新隐球菌脑膜炎：该菌经肺进入全身，最后到达脑部，临床表现为进行性头痛加重及意识障碍，伴发热和癫痫大发作，颈强直不常见，脑脊液细胞常不增高，CT所见为非特异性，轻至中度脑室扩张，无脑膜增强，有时可见脑萎缩，肉芽肿或脓肿的影像，诊断依靠脑脊液墨汁染色找到病原菌，如不治疗可在数周内死亡，如能早期诊断，可用两性霉素B和5-氟胞嘧啶联合治疗。
4、细菌感染：以分枝杆菌感染较多见，现已认识到，结核病是血清HIV-1阳性病人最常见的机会性感染，在合并感染HIV和结核的病人，其临床表现异常，结核进展加快，但肺结核常无痰，由于反应能力减弱，HIV病人对结核菌素试验无反应者明显增加，其肺外结核类型与一般结核病人不同，以淋巴结肿大及粟粒性结核最常见。
三、继发于AIDS的中枢神经系统肿瘤
1、原发性中枢神经系统淋巴瘤：原发性中枢神经系统恶性淋巴瘤极为少见，正常人群发病率估计为0.0001％，而AIDS病人却高达2％，美国原发性中枢神经系统淋巴瘤每年约有225例，因此，该病将成为AIDS病人的主要疾病，瘤细胞浸润脑实质血管周围间隙或软脑膜，临床表现多为亚急性起病，有精神状态改变，头痛，意识模糊，视觉障碍，局灶性神经功能障碍等，脑膜转移者可有脑神经损害以多发性神经根损害等，CT显示脑深部，脑室周围有间质性结节或环形增强病变，与其他肿瘤或感染难以鉴别，侵及脑膜者可有脑膜增厚及增强，通常需要脑活检确诊，最近的实践证明，该肿瘤对放疗敏感，故应尽早行积极的放射治疗，可延长病人的生存期。
2、Kaposi肉瘤：为AIDS病人最常见的恶性肿瘤，但是中枢神经系统很少发生，中枢神经系统受累时多已合并其他内脏受累及肺部广泛转移，临床上可有局灶症状，CT有局灶性损害，而且易合并中枢神经系统感染，虽然它对放射线敏感，但病人最终死亡于广泛转移的Kaposi肉瘤。
四、继发性脑血管意外：10％～20％的AIDS病人可有脑血管意外，最多见的是多发性局灶性缺血性脑梗死，也可表现为出血性脑梗死，肿瘤内出血，短暂性脑缺血发作及硬脑膜外，硬脑膜下血肿，蛛网膜下腔出血，脑出血等，最近从某些AIDS感染者的血中分离出可产生高凝状态的血液因子，它可能是造成这些年轻的AIDS病人频发缺血性脑梗死的原因。