亚临床甲状腺功能减退症的病因较复杂，可分为许多不同的类型，其发病原因也不同，其具体发病原因及发病机制如下所述。
一、亚临床甲状腺功能减退症的发病原因
亚临床甲减病因较复杂，许多结构或功能异常能够引起甲状腺激素合成障碍，引起甲状腺功能减退。主要可分为以下4类：
1、原发性（甲状腺性）甲状腺功能减退 原发性甲减占大约96％，其他均属少见。其中以慢性淋巴细胞性甲状腺炎（CLT，又称桥本甲状腺炎）最常见。
依据患者伴有或不伴有甲状腺肿大，原发性甲减的病因又可分为：
（1）甲状腺不肿大
①甲状腺先天发育异常，多有家族倾向。
②特发性 原因不明，有称此症是慢性淋巴细胞性甲状腺炎的后期。
③放射性碘或甲状腺切除术治疗后。
④头颈部肿瘤放射治疗后。
（2）甲状腺肿大
①甲状腺激素合成障碍 系常染色体隐性遗传引起。
②由于母体内的碘化物或抗甲状腺制剂传递给胎儿致病。
③摄入碘缺乏或天然的致甲状腺肿物质（如木薯）引起。
④药物 抗甲状腺药物、碘化物、保泰松及锂盐等引起。
⑤慢性淋巴细胞性甲状腺炎 病因未明，可能与甲状腺自身免疫性损害有关，许多患者存在高滴度的过氧化酶抗体（TPOA）和甲状腺球蛋白抗体（TGA），促甲状腺激素（TSH）受体封闭型抗体也可能是病因之一。
2、继发性（垂体性）甲状腺功能减退较少见，是由于垂体疾病使TSH分泌减少所致，如垂体肿瘤、席汉病、垂体手术或放射治疗以后所引起。
3、第三性（下丘脑性）甲状腺功能减退罕见，由于下丘脑产生促甲状腺激素释放激素（TRH）的减少，使得垂体的TSH的分泌减少而引起，如鞍上肿瘤及先天性TRH缺乏等。
4、末梢对甲状腺激素作用的抵抗（RTH）甲状腺激素通过核受体发挥生物学效应，若核受体缺乏或T3、T4与受体的结合障碍，以及受体后缺陷等均可导致末梢对甲状腺激素作用的抵抗，引起甲状腺功能减退。
二、亚临床甲状腺功能减退症的发病机制
亚临床甲减是由于甲状腺激素合成或释放有障碍，甲状腺激素减少必然减少对TSH的反馈抑制，引起TSH升高，升高的TSH刺激甲状腺肿大、增生和代偿性甲状腺激素释放增加，使血甲状腺激素恢复正常，但这是在高TSH水平下维持的甲状腺激素正常。
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