3、DNA探针技术的应用：DNA探针有助于HSV感染的诊断，DNA探针在细胞形态学可疑时能确定诊断，几种因素能混淆形态学诊断：
①HSV包涵体与巨细胞病毒(cytomegalovirus，CMV)和腺病毒(adenovirus)的包涵体相似；②发生HSV和CMV双重感染时；③除了HSV其他呼吸道病毒也能产生多核细胞，原位杂交使特殊病毒基因组序列定位，它比传统的确定方法简单快速。
4、聚合酶链反应技术(PCR)：PCR对HSV病毒感染可提供结论性依据，即使在石蜡包埋组织只要有一致的病毒病理改变即可，每次检查必须有阴性对照组织，尽管存在隐性感染的可能性，但对没有病毒病理改变的对照组织，PCR检查HSV仍为阴性，如进行合适的对照，该方法快速(1天内完成)，准确特异，敏感性高，能对陈旧或复杂的标本进行处理，PCR和HSV培养结果近似，PCR没有Tzanck涂片和病毒培养的许多技术和实际限制，PCR在快速诊断可疑HSV病毒感染的免疫抑制病人显示其优越性。
三、血清学检查
该方法的最大价值是证明病人已经感染过HSV，血循环中的抗HSV抗体是存在反复感染可能的标志，抗体滴度增加4倍或更多提示HSV的近期感染，HSV抗体可通过许多方法检测，包括补体结合试验，微量中和试验和酶免疫分析法，这些方法高度敏感和可靠，但血清学检查不能区分内源性病毒感染和重新感染，血清学检查结果无诊断意义，无助于快速诊断，另一问题为HSV-1和HSV的交叉反应，故不能确定HSV急性感染的血清分型，仅仅在急性期血清中无HSV抗体时，血清学检查可用于诊断HSV初次感染，在这种情况下，如果恢复期血清中抗体出现，可称为血清转阳现象(seroconversion)，HSV肺炎时抗体滴度不增高常提示预后较差，病毒容易广泛播散。
四、病毒分型
常用3种方法为单纯疱疹病毒分型，首先采用和标准的方法为限制性内切核酸酶切割，并经琼脂凝胶电泳分离，HSV-1和HSV-2的DNA类型不同，据此很容易鉴别HSV-1和HSV-2，第2种方法为用荧光素标记的特异性单克隆抗体进行病毒的分型，该方法具有对切片和培养基进行快速和直接检测的优点，第3种方法为使用溴乙烯去氧苷，该物质在细胞培养基保持适当浓度仅可阻滞HSV-1复制，HSV血清分型对于流行病学很重要，临床医生很少需要这种信息，HSV生殖道感染和HSV脑炎例外。
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