睾丸萎缩的鉴别诊断如下：

1.睾丸发育不全

先天性睾丸发育不全又称曲细精管发育不全或原发小睾丸症或Klinefelter综合征，其特点是睾丸小、无精子、血液中的促性腺激素水平升高等。

2.睾丸胀痛

睾丸胀痛大体上分为两种情况，即急性持续疼痛和慢性经常性疼痛，多由睾丸炎和睾丸损伤引起，睾丸损伤者有明确的外伤史。

3.无睾丸

正常情况下，胎儿在母体子官内发育后期，睾丸即降入阴囊内。而睾丸常见病会导致睾丸下降不全、睾丸异位和睾丸缺如，出现无睾丸症状，如隐睾、先天无睾丸症、侏儒症等。

4.睾丸疼痛

睾丸的疼痛多见于睾丸炎和损伤，睾丸炎除血行感染外，更常见的是细菌经尿道逆行至附睾和睾丸，造成附睾炎、睾丸炎，临床可见附睾与睾丸肿胀和疼痛。

睾丸损伤者有外伤史和局部肿胀及淤血。剧烈运动或房事、暴力有时可引起提睾肌的强烈收缩，从而使系带过长的睾丸发生扭转，引起睾丸剧痛。慢性疼痛时，轻者迁延日久，疼痛较轻、泛化，具有放射性疼痛。