妊娠妇女和新生儿也会出现甲胎蛋白的一时性升高，因为甲胎蛋白是胎儿的正常血浆蛋白成分，是胚胎早期的主要蛋白质，妊娠期妇女甲胎蛋白是会明显升高，一般在妊娠后3个月，甲胎蛋白就明显升高，约在产后3周后逐渐恢复正常水平。

急、慢性肝炎，重症肝炎恢复期，肝硬化，先天性胆管闭塞，畸形胎儿等甲胎蛋白可出现升高，但是起升高的幅度比较小，且持续的时间比较短。

另外，甲胎蛋白偏高可能与生殖细胞肿瘤有关；慢性肝炎活动期甲胎蛋白有轻度、中度升高，经治疗后降低以至恢复正常。新生儿肝炎可测出甲胎蛋白，发生率随病情的严重度而增加，大多明显增高。其他如肝损伤、充血性肝肿大、共济失调、毛细血管扩张症、先天性酪氨酸病也常有甲胎蛋白增高。