乙脑伴发的精神障碍一般可根据病史、体征及实验室检查，并参考流行季节(多在夏秋两季)以进行诊断。乙脑伴发的精神障碍的临床表现主要有躯体症状和精神症状两方面，具体如下：
一、躯体症状
潜伏期一般为10～14天。
1、初期：发病在1～3天内，起病急，主要症状为发热，1～2天内体温可达39～40℃。伴有头痛、恶心呕吐、腹痛、腹泻及轻度意识障碍，如倦怠、嗜睡等。
2、极期：发病第4～10天，主要表现为高热、抽搐、昏迷、呼吸衰竭等。神经系统体征通常1周内达高峰，可见震颤、痉挛、各种不同的瘫痪、腱反射消失、脑神经障碍、脑膜刺激症状以及自主神经障碍尿失禁或尿潴留等。
3、后期：可遗留有迟钝、流涎、失语或口齿不清、震颤、共济失调、不同程度的瘫痪或表现单纯性意识障碍，手足徐动症、癫痫大发作或杰克逊癫痫，此时病人可伴有癫痫性格。帕金森综合征的表现较轻，并可好转。有些病人有言语障碍，表现为不会说话、口吃或拼音不清楚等。一般6个月恢复，少数可持续较长时间。
二、精神症状
精神症状的轻重、病程长短依原发病而改变。一般讲，随躯体症状恢复而日趋好转，少数可持续1～2年；或随疾病后遗症出现而呈慢性期精神症状表现。
1、早期或急性期症状：
(1)意识障碍：可见各种不同程度(由混浊到昏迷)的意识障碍，此时定向力不完整。可有运动性兴奋等。
(2)幻觉妄想状态：病人呈无欲无力状态、思维迟钝或不连贯、表情呆板、动作少而慢。妄想多在幻觉基础上产生，以成年人多见，而且多在轻度意识障碍时出现。
(3)感知综合障碍：有些病人有明显的视物显大、视物显小、视物变形以及体形感知综合障碍。所有这些也是多在意识障碍的基础上产生的。