畸形性骨炎大约有10％～20％的患者并无临床症状，往往在因其他疾病行X线检查时偶然发现，有症状的患者主要有以下的表现：
1、疼痛，骨畸形变和骨折
疼痛为本病的主要主诉，近80％的病例表现为疼痛，其中又有近一半病例表现为关节痛，关节痛为本病最常见的并发症，由骨关节炎所致，常见于膝关节，髋关节和脊柱，约17％的患者表现为单骨性，主要在胫骨和髂骨，或者为多骨性，后者的症状常较前者危险，一般为钝痛或烧灼样痛，以夜间和休息时明显，偶为锐痛或放射样痛，负重可使下肢，脊柱和骨盆痛加重。
本病可累及人体的任何骨骼，最常累及的骨骼依次为骨盆，腰椎，股骨，胸椎，骶骨，颅骨，胫骨和肱骨等，四肢长骨的畸形变可引起骨的弯曲，导致继发性骨关节炎，发生在面骨的畸形变可能并不明显，但也可导致牙齿的拔除，义齿安装困难等，颅骨累及时可引起耳聋和脑神经损伤，颅底骨受累后可引起扁颅底，颅底内隐，脑积水，椎基底动脉供血不足等，脊柱累及可引起脊索损伤，神经根压迫症状和马尾综合征等。
本病病变处骨质变脆，可自发性或轻微外伤后引起骨折，尤其在四肢长骨，常为横断性骨折。
2、血管形成
病变处骨和皮肤的血管过度增生使局部温度升高，颅骨病变处过度形成的血管可从颈外动脉获取血液，使颞浅动脉变粗屈曲，引起大脑供血不足(血管窃血综合征)，可表现为嗜睡，孤僻和淡漠等，同样，如血管窃血综合征发生在椎动脉则可导致下肢轻瘫和侧瘫，当本病累及的骨骼范围超过全身骨骼的35％时，可引起高排血量的充血性心力衰竭，此种情况并不常见。