角膜软化症主要为结膜，特别是睑裂部分的特殊干燥状态以及角膜基质的坏死变化，病态过程分四个阶段。
1、夜盲期
患者最早的主诉症状，在黑暗环境下，病人失去健康眼所具有的对适应功能，因此患者夜间时视物要比白天模糊得多，俗称“鸡盲”或“雀盲”。主要为维生素A缺乏，致使视网膜神经上皮细胞层杆状体视紫红质缺乏原料，使暗适应功能下降的表现。婴幼儿因年龄小而难以表达。
2、干燥前期
球结膜表面失去正常光泽，角膜表面变为暗淡无光，结膜下血管呈现特殊的紫兰色调，如把下睑撑开，使眼暴露10秒钟，则结膜及角膜表面的模糊状态迅速加剧。结膜失去弹性，眼球转动时，球结膜显示向心性皱纹，角膜感觉显著下降，瞬目反应不灵，从而加速干燥症状的发展。此时作球结膜上皮细胞刮屑涂片检查可以现上皮细胞的角化颗粒及无数的干燥杆菌。对于此期症状的发现具有重大意义，如能早期诊断及早期治疗，便可迅速治愈。
3、干燥期
球结膜明显干燥，在睑裂部结膜上可有特殊的银白色泡沫状三角形斑，基底朝向角膜，称为毕脱氏（Bitot）。形态上，干燥斑易用凝结的矿蜡油，眼泪不能湿润其表面，通常对称出现于两眼的颞侧睑裂部球结膜，日后鼻侧亦可出现，在下睑部及穹窿部，结膜及半月形皱襞上，呈灰蓝色调色素变化，为上皮层内黑色素生长所造成，也是缺乏维生素A所独有的眼部特征。
角膜表面，光泽消失，好象热气呵在玻璃上，呈雾状混浊，如毛玻璃状。在睑裂部的角膜缘与结膜的干燥斑相接。角膜周围的混浊，可伴色素性变化。角膜的知觉可完全丧失，羞明现象明显。
4、角膜软化期
球结膜粗糙肥厚，皱褶明显，角膜浸润混浊加重，呈灰黄色或黄白色。角膜迅速自溶成溃疡，前房积脓，一般在1～2天内可使整个角膜组织溶化穿也，最终形成角膜粘连白斑，或完全性角膜葡萄肿，或扁平角膜，眼球萎缩而导致完全性失明。