真菌性关节炎的多数病例表现为慢性无痛性关节炎。由于身体原有病变吸引着患者和家属的注意力，关节部位的不适、肿胀、活动范围减少、少量积液等症状常被忽略。有时直到关节内的骨和软骨出现不可逆损害时，才被注意到。真菌性关节炎的具体临床特征如下。
1、念珠菌:念珠菌性关节炎主要发生于播散型念珠菌病患者，多见于膝关节，也有相当一部分患者为多关节受累。
2、孢子丝菌:临床上将孢子丝菌病分为皮肤型和系统型两类。皮肤型表现为结节、毛囊性脓疱、斑块、疣状、肿瘤状损害及溃疡。沿淋巴管向近侧作带状传播时，呈典型带状分布，皮肤损害为蚕豆大小的肉芽肿、结节、脓肿和溃疡。系统型表现为肺和脑膜的感染，而最常见的是侵犯骨骼和关节。
孢子丝菌关节炎的受累关节以上下肢大关节较多，可以是单个或少数几个关节受累，也可以是多关节，同时可有内脏及皮肤受累。关节炎呈亚急性或慢性过程，也可有周围皮肤损害或窦道形成。
3、皮炎芽生菌：广泛分布于自然界中，如土壤、木材中。本病发病过程常表现为急性发病，全身中毒症状明显，可有发热、局部化脓及形成窦道。关节炎与皮肤和肺部损害常同时存在，受累关节多见于膝关节和踝关节，发病过程大多是由于经血源性感染引起芽生菌骨髓炎，再由骨髓炎延及关节，引起关节炎。
4、球孢子菌病：受累关节多为单关节，好发于踝关节、膝关节以及腕、肘关节，组织病理显示化脓和肉芽肿相互交替出现。临床表现与其他肉芽肿性关节炎类同，主要表现为关节疼痛、肿胀。X线摄片除软组织肿胀外无明显改变，少数有关节间隙狭窄。半数有邻近关节骨骼骨髓炎，关节损坏过程缓慢，若不治疗，最终也可造成关节永久性损坏。