系统性红斑狼疮的发病可急可缓，临床表现多种多样。早期轻症的患者往往仅有单一系统或器官受累的不典型表现，随着病程的发展其临床表现会越来越复杂，可表现为多个系统和器官受累的临床症状。全身表现包括发热、疲劳、乏力及体重减轻等。
(1)常见受累组织和器官的临床表现：
1) 皮肤粘膜：蝶形红斑、盘状皮损、光过敏、红斑或丘疹、口腔、外阴或鼻溃疡、脱发等。
2) 关节肌肉：关节痛、关节肿、肌痛、肌无力、缺血性骨坏死等。
3) 血液系统: 白细胞减少、贫血、血小板减少、淋巴结肿大、脾肿大等。
4) 神经系统：头痛、周围神经病变、癫痫、抽搐、精神异常等19种表现。
5) 心血管系统：心包炎、心肌炎、心内膜炎等。
6) 血管病变：雷诺现象、网状青斑、动、静脉栓塞及反复流产等。
7) 胸膜及肺：胸膜炎、肺间质纤维化、狼疮肺炎、肺动脉高压及成人呼吸窘迫综合征等。
8) 肾脏：蛋白尿血尿、管型尿、肾病综合征及肾功能不全等。
9) 消化系统：腹痛、腹泻、恶心、呕吐、腹膜炎及胰腺炎等。
(2)少见的受累组织器官的临床表现：
1) 肠系膜血管炎、蛋白丢失性肠病或假性肠梗阻等属于严重的消化系统受累的并发症，症状包括发热、恶心、呕吐、腹泻或血便，腹部压痛及反跳痛等症状和体征。
2) 狼疮眼部受累，以视网膜病变常见，表现为“棉絮斑”，其次是角膜炎和结膜炎;可表现为视物不清、视力下降、眼部疼痛及黑蒙等。
(3)特殊类型的狼疮:
1) SLE与妊娠：SLE患者与正常人群的生育与不孕率没有显著差异。但活动性SLE患者的自发性流产、胎死宫内和早产的发生率均高于正常健康妇女。SLE病情完全缓解6-12个月后妊娠的结局最佳。