甲状腺囊肿的症状主要表现为心悸、胸闷、怕热、多汗、手抖、失眠、食欲亢进、消瘦、乏力、腹泻、甲状腺肿大及眼球突出等症状。体征起病较急，甲状腺一侧或双侧肿大而较硬，伴有局部疼痛，并常向耳后，后头项部放射，全身可有畏寒发热，多见于中年妇女。甲状腺形态大多呈弥漫性增大，有的可呈结节，无疼痛。甲状腺囊肿症状无全身症状，个别有一些有甲状腺功能亢进症状，病久者可能有某种甲状腺功能降低症状，如胃纳减少、无力、轻度浮肿等。
在甲状腺的一叶内的肿块，生长缓慢，一般为单发性，有完整的包膜，与周围正常组织分界清楚，无疼痛和压痛，结节质地中等硬，表面光滑，与周围不粘连，可随吞咽上下移动。颈部增粗(甲状腺肿大所致)，质地一般较软，肿大明显时，颈前肿块可向前突出下坠或向后压迫引起呼吸不畅、甚至呼吸困难，或还引起吞咽阻噎感；结节型者结节的大小和软硬可不均，有的结节较硬；一般无全身症状。甲状腺囊肿早期无明显症状，仅颈前区出现硬性无痛性肿块，表面不平，肿块增长速度迅速，吞咽时上下移动度不大。继而，出现颈淋巴结转移；并可出现压迫症状，如呼吸不畅、吞咽阻噎、声音嘶哑，以及horner征(病侧瞳孔缩小、上眼睑下垂、眼球内陷，同侧头面部无汗等)。发生于青春发育期、妊娠期或哺乳期，甲状腺轻度或中度肿大，表面光滑，质地柔软，甲状腺功能检查正常，常可自行恢复，应排除甲亢甲减及其他原因所致甲状腺肿的可能。多数为单发结节，偶见多发结节，直径多在2-5厘米之间。肿块呈圆形，表面光滑边界清楚，多数不痛或有轻微疼痛，无触痛，可随吞咽而上下移动，甲状腺功能检查多在正常范围。甲状腺癌伴囊肿者少见，约1％—2％，癌性囊肿囊液细胞学检查通常能发现癌细胞。