肺炎衣原体感染患者的症状根据其感染部位不同，症状也不尽相同，具体如下：
1、急性呼吸系感染
急性呼吸系感染是其主要表现，如咽炎、喉炎、鼻窦炎中耳炎、支气管炎及肺炎，以肺炎最常见，支气管炎次之。老年以肺炎多见，20岁以下的青少年，则多为支气管炎及上呼吸道感染。常以发热、全身不适、咽痛及声音嘶哑起病，数日后出现咳嗽，此时体温多已正常。亦可引起支气管炎、支气管哮喘，原有支气管哮喘的患者感染肺炎衣原体后，可加重病情。病情严重者可因原基础疾病加重或因发生并发症如细菌感染而死亡。
2、伤寒型
少数患者表现为高热、头痛、相对缓脉及肝脾大，易并发心肌炎、心内膜炎和脑膜炎，重症患者出现昏迷及急性肾功能衰竭，表现类似重型伤寒
3、其他
本病可引起虹膜炎、肝炎、心内膜炎、脑膜炎及结节性红斑等。是艾滋病、恶性肿瘤或白血病等疾病发生继发感染的重要原因。近年来发现，肺炎衣原体感染在COPD中常见。且发现COPD患者肺炎衣原体特异性抗体阳性率明显高于健康人群。尤其是>50岁的COPD患者4％以上的急性发作与肺炎衣原体感染有关。