一、临床分期与类型
潜伏期为10天左右，多数起病急骤，临床表现复杂，轻重差异很大。
根据发病原理可将本病临床病程分为败血症期和免疫反应期。
另据临床特点又可分为流感伤寒型，肺出血型，黄疸出血型（又称Weil病），脑膜脑炎型，肾功能衰竭型及后发症等。
1、败血症期：
（1）急性期（起病后1～10天）主要有发热，全身酸痛，结膜充血，腓肠肌疼痛，淋巴结肿大等，以腓肠肌痛较突出，除上述毒血症症状外，涉及各脏器均有其特殊的表现，如流感，肺大出血，黄疸，肾功能衰竭和脑膜脑炎症状等。
（2）恢复期（起病第7～10天后）多数患者热退后各种症状逐渐消失而获痊愈，少数患者在热退后几天至6个月或更长时间可再出现发热，眼部（常见者为虹膜睫状体炎，脉络膜炎或全葡萄膜炎）及神经系统后发症。
2、免疫反应期：
一般将发生于病程早中期的症状称为败血症或并发症，而将中毒症状消退后又起的症状称为后发症，此乃系免疫反应所致。
二、急性神经系统损害的临床表现
表现为脑膜脑炎型，起病后2～3天左右，出现剧烈头痛，频繁呕吐，嗜睡，谵妄或昏迷，部分患者有抽搐，瘫痪等，颈项强直，克氏征与布氏征均阳性。
重者可发生脑水肿，脑疝导致呼吸衰竭，单纯脑膜炎者预后较好，脑炎或脑膜脑炎者病情较重，神经系统后发症较多见，早期后发症以单神经炎，多发性神经炎，神经根炎及脑神经瘫痪为主，晚期并发症以脑血管病多见。
钩端螺旋体脑动脉炎患者多为12岁以下儿童及青年人，多系轻型或隐性感染，临床上主要表现为缺血性脑血管病，患者常在急性期症状消失后1～5个月出现偏瘫和失语等症状，反复多变是其临床特点之一。