蓝氏贾第鞭毛虫病的潜伏期一般1～3周，平均9～15天，临床表现以胃肠道症状为主。急性期典型症状为暴发性腹泻，水样大便并有恶臭，可有少量黏液，但多无脓血。患者常伴有食欲不振、恶心、呕吐、腹胀、嗳气。腹痛常见，多在中上腹、绞痛。部分患者有低热、发冷、头痛、乏力、食欲减退等全身症状。也有只排出包囊，而无症状者。 急性期持续数天，如治疗不及时，即可能转为亚急性感染，主要表现为间歇性腹泻、腹痛、食欲减退等，可持续数月。 慢性期主要表现为反复发作或持续稀便，多为周期性短时间腹泻，大便为表面漂浮黄色泡沫的稀便，恶臭，多在10次/d以下。腹胀、嗳气、厌食、恶心、但腹部绞痛少见。病程常可长达数年，儿童蓝氏贾第鞭毛虫病病例和严重感染者因长期吸收不良可导致消瘦、体重减轻、发育障碍、贫血等。如虫体侵犯胆囊和胆管时，患者表现为胆囊炎和胆管炎症状，右上腹或剑突下疼痛、恶心呕吐、发热、胆囊区压痛等。病变累及肝脏，患者以肝区疼痛，肝大伴压痛及肝功能损害为主要表现。此外，部分患者可表现为胃炎、阑尾炎等。
