隐球菌性脑膜炎主要表现的是中枢神经系统的损害。临床上可分为4型：即脑膜炎型、脑膜脑炎型、肉芽肿型和囊肿型。
1、脑膜炎型
本型最常见，可呈急性、亚急性、慢性过程，主要表现为脑膜炎的症状体征。
⑴上呼吸道感染症状：约2/3患者首先表现为上呼吸道感染症状，如畏寒、发热、头痛、头昏、咽痛、鼻塞、喷嚏、恶心、纳呆、全身不适等症状，经一般治疗无效，症状逐渐加重。
⑵头痛：多数患者开始头痛较轻，以后逐渐加重；少数患者一开始便出现剧烈头痛，伴恶心、呕吐。头痛常从两侧颞部开始，继而出现在前额、枕部，多两侧发生，也可为偏侧头痛。一般为胀痛伴头顶部压迫感，亦可为撕裂痛或刀割样痛，开始多为间歇性发作，每次发作几分钟，每天发作数次至十余次。发作时患者精神萎靡，或烦躁不安。以后可出现持续性疼痛，可伴阵发性加剧，少数患者在较强的光线或较强的声音刺激下便可诱发疼痛发作。
⑶恶心、呕吐：80％～90％的患者有恶心、呕吐。恶心、呕吐可与头痛同时出现，但多数患者是在头痛出现1～2周后才出现呕吐，可为喷射性或非喷射性，严重时食后即吐，不能进食，甚至饮水服药也可诱发呕吐。
⑷发热：50％～70％的患者有发热，热型不规则，一般开始为低热，体温在37.5～38℃，少数患者也可出现39℃以上的高热。如果持续出现40℃以上高热，则预后极为不良，常为临死前征兆。抗真菌药物也可出现反应性暂时性高热，但停药后消失。
⑸脑膜刺激症和锥体束征：可出现颈项强直，克尼格征、奥本罕征及巴彬斯基征可为阳性，但多数为弱阳性，且一般在病程晚期出现。
⑹眼部症状：可出现弱视、复视、斜视、怕光、眼球震颤、眼球外展受限、瞳孔大小不等、视网膜炎、视乳头水肿、眼底静脉怒张、灰白色渗出及出血，甚至出现视神经萎缩，以至完全失明。