新生儿肾静脉血栓不仅严重影响患儿的日常生活，迁延日久，还会导致其他疾病的发生。所以，一经确诊，应及时治疗。常用的治疗方法主要是以下两种。
一、外科疗法
对晚期肾萎缩或持续高血压的患儿可行肾摘除术。对肾（主）静脉及下腔静脉血栓形成，可采取血栓摘除术，以获得该静脉的再疏通。
二、内科疗法
近20余年来，均采取内科保守疗法。抗凝药物及溶栓药物的应用，已极显著的提高了新生儿肾静脉血栓的治愈率。
1、纠正脱水和电解质紊乱：对脱水的患儿，应及时补液。若补液和用利尿药24小时后尿量不见增加，应考虑合并有急性肾功能不全，应立即限制入水量。
2、对基础疾病的根治及对症治疗：卡托普利（巯甲丙脯酸）等血管紧张素转化酶抑制药可用于治疗高血压。肾功能不恢复者可用血液透析治疗。
3、抗凝药物：常用的抗凝药物为肝素和华法林，尤以肝素多用。用肝素2～3次后应输注新鲜血浆1次，以补充凝血物质，并监测凝血情况。
4、血栓溶解剂：常用的血栓溶解剂为尿激酶。