小儿结节性甲状腺肿的治疗，须根据结节的性质，采取药物、随诊观察及手术。
1、药物治疗
常用的甲状腺制剂有甲状腺粉（片）及左甲状腺素钠。采用抑制治疗时，须注意不要使病人产生临床或实验室检查所见的甲状腺功能亢进。此种治疗对年老及有心血管病者不宜选用或慎用。这种疗法通常用于结节性甲状腺肿和部分良性肿瘤，也用于一些甲状腺结节的性质还不清楚的诊断性治疗。对治疗后结节缩小者，可长期治疗，或停止治疗密切随诊。
2、手术治疗
在进行甲状腺结节手术时，应争取做冰冻切片检查，以便决定手术范围。可行结节剔除或甲状腺部分切除。如果是胶样结节或甲状腺腺瘤，为了防止手术后结节再度生长，手术后应行甲状腺激素抑制治疗。如为甲状腺癌，则应做甲状腺全切除。术后进行甲状腺激素替代治疗。