中医治疗营养不良以顾护脾胃为主，消导、杀虫、清热为辅。病初气虚未甚，积滞内停，应以消导为主，兼顾正气。病之中期，应权衡虚实轻重，标本主次，或先补后攻，或先攻后补，或攻补兼施。后期纯虚无实，则应以补益为主，但不宜峻补、大补。此外，尚可采用外治法配合治疗。
一、中药治疗
1、积滞伤脾
治法：调和脾胃，益气助运。
方药：资生健脾丸加减。党参、白术、茯苓各12g，薏苡仁、神曲、麦芽各10g，枳壳、厚朴、焦楂各6g，黄连2g。能食善饥加胡黄连、丹皮，性情烦急加钩藤，腹胀嗳气加鸡内金。
2、脾虚气弱
治法：消积理脾，和中清热。
方药：疳积散加减。党参、白术、茯苓各15g，青皮、陈皮各1Og，胡黄连、使君子各6g，砂仁3g。腹胀膨起加大腹皮、木香、枳实;大便下虫加槟榔、芜荑，烦躁性急加钩藤、牡蛎、石决明。
3、气血两虚
治法：补益气血，健脾温阳。
方药：八珍汤加减。党参、熟地、白术、茯苓各15g，当归、白芍、神曲各1Og，麦芽、川芎、炙甘草各6g。口干欲饮加乌梅、麦冬、石斛;面晄肢冷，大便稀溏者，去熟地、白芍，加炮姜、附片。
二、中成药治疗
1、参术健脾丸：具有益气健脾，消食导滞的功效。适用于营养不良属脾胃虚弱，运化失司者。1～3岁每次1.5g，3～6岁每次3g，6岁以上每次6g，每日3次。
2、开胃理脾丸：具有健脾开胃，消食化滞的功效。适用于营养不良属脾胃虚弱，食积内停者。1～3岁每次1/4丸，3～6岁每次1/3丸，6岁以上每次1/2丸，每日3次。
3、启脾丸：具有健脾和胃，消食止泻的功效。适用于营养不良属脾胃虚弱，伤食腹泻者。1～3岁每服1/2丸，3～6岁每服1丸，6岁以上每服2丸，每日2～3次。
4、资生丸：具有健脾化湿，消食止泻的功效。适用于营养不良属脾胃虚弱，湿阻中焦者。1～3岁每服0.5～1g.3～6岁每服1～2g，6岁以上每服2～3g，每日3次。5.人参健脾丸：具有健脾养胃，消食除胀的功效。适用于营养不良属脾胃虚弱者。1～3岁每服1/2丸，3～6岁每服1丸，6岁以上每服2丸，日服2次。
三、专方验方
1、磨积散：鸡内金30g，生谷芽30g，焦麦芽30g，生黄芪25g，胡连12g，五谷虫30g，蜣螂30g。共研细面。每晚服3～6g，以红糖水调服。用于营养不良属脾虚食积者。
2、加味三甲散：制鳖甲15g，制龟板15g，炮山甲15g，鸡内金15g，炒大白15g，砂仁6g，番泻叶1.5g。共为细面。1岁以内每服0.5～1g，1～3岁每服1.5～2g，3～6岁每服2.5g，日服3次。用于营养不良属积滞伤脾者。
3、八仙膏：鸡内金9g，焦山楂9g，神曲9g，麦芽9g，怀山药9g，芡实9g，薏苡仁9g，莲子肉9g。焙干共研细面，加入面粉500g，芝麻1OOg，红糖50g，烙焦饼食用，量不限。逞用于营养不良属脾胃气虚，食滞内停者。
4、羊肝散：鲜羊肝500g，白术、海螵蛸各150g，茯苓、淮山药、鸡内金各1OOg，甘荜30g。羊肝蒸熟晒干炒黄，海螵蛸去硬皮切成蚕豆大炒黄，余药均以文火炒黄，共为细末。1～2岁每服2～3g，3～4岁每服4～5g，5～6岁每服6g，日服2～3次。用于治疗小儿重度营养不良。
5、加味消积散：人参1Og，制附子6g，僵蚕6g，鸡内金1Og，槟榔1Og，神曲1Og，麦劳1Og，山楂15g，甘草6g。共研细末。1～3岁每次0.15～0.3g，3～6岁每次0.3～0.5g，6～9岁每次0.5～1.Og，9～12岁每次1.0～1.5g。每日3次。适用于营养不良属气血两虚者。
四、针灸疗法
1、体针：取中脘、天枢、气海、足三里、脾俞、胃俞、肾俞穴。用毫针刺，中等刺激，不留针。每日1次，10次为1疗程。
2、刺四缝：取双手四缝，局部皮肤消毒后，用三棱针或粗毫针针刺，约1分深，刺后挤出粘性黄色透明液体。每日或隔日1次，直至针后无液体挤出为止。
3、推拿：推补脾经、运内八卦、揉足三里、揉中脘、推三关、推补大肠、摩腹、揉脐、捏脊。便秘加推下七节骨，腹胀加拿肚角，食积者加揉板门。每日推拿1次，7次为1疗程。
4、贴敷：将桃仁、杏仁、生山栀各20g，晒干研末，加冰片、樟脑各1g和匀，制成疳积散。每次取药末20g，用鸡蛋清调拌成糊状，敷布在两侧内关穴。纱布包扎，不宜太紧。24小时后除去，3天敷1次，连敷3次。