牙龈恶性肿瘤由于早期侵犯骨质，故其治疗主要是外科手术，其他均为综合治疗的辅助措施，或作为姑息治疗。
1、原发癌的处理
即使是早期的牙龈恶性肿瘤，原则上均应行牙槽突切除而不仅仅是牙龈切除术。较晚期的应作下颌骨矩形或上颌骨次全切除术。如已侵及下颌神经管(已出现下唇麻木)应作孔间骨段切除术(例如下颌孔至同侧或对侧颏孔)直至半侧或超越中线的下颌骨切除术。牙龈恶性肿瘤已穿入上颌窦者应行全上颌骨切除术。临床上不能确定上颌窦侵犯程度时，在决定上颌骨切除术式前，应常规先行上颌窦前壁开窗，探查肿瘤是否已进入上颌窦以后，方能确定行次全或全切除术。对已侵犯邻近组织的晚期牙龈恶性肿瘤，应视情况行扩大的根治性切除术。
对于骨质破坏程度的判断也是决定手术范围的一项重要的指标。目前临床上都结合X线摄片来确定。晚近有报道采用单光子发射体层摄影(SPECT)技术可获得更早期和更准确的骨形成或破坏信息，即比X线表现所获得的信息更早期和更准确。此对决定骨组织受侵程度，包括牙龈恶性肿瘤骨质侵犯程度的确定是一项有意义的发现，而且有助于制订治疗方案。
2、转移癌的处理
下牙龈恶性肿瘤的颈淋巴转移率在35％左右。临床上早期的上颌牙龈恶性肿瘤淋巴结属NO者可以严密观察，一旦发现转移应行治疗性颈清术。早期下颌牙龈恶性肿瘤可考虑同期行肩胛舌骨上淋巴清扫术。
超越中线或一侧接近中线的晚期牙龈恶性肿瘤也可发生对侧颈淋巴结转移，应根据具体情况考虑手术方案。牙龈恶性肿瘤多为高分化鳞癌，且早期即可侵犯骨质，故手术是其主要的治疗方法，其他方法根据病变的具体情况选做综合治疗措施，或作为姑息治疗手段。
早期范围局限X线片表现牙槽骨的浅基状吸收的牙龈恶性肿瘤，应行包括牙槽突在内的牙龈切除术;牙槽突表现浸润性虫蚀状破坏时应行下颌骨受累区外2cm的方块切除或上颌骨的次全切除;侵及下颌神经管的牙龈恶性肿瘤考虑癌细胞可沿下颌孔扩散，应作下颌孔至同侧颏孔的孔间骨段切除术。下颌骨的缺损可考虑进行血管化或非血管化的同期植骨，在植骨的基础上也可进行种植体植入术，最大限度地恢复咬合功能。上颌牙龈恶性肿瘤应作上颌骨次全切除术，如波及上颌窦，应作一侧上颌骨全切除术，如已出现上颌窦顶或后壁侵及时应行扩大上颌骨切除术，切除后的缺损可用钛网支架骨移植术或赝复体修复。对已广泛浸润周围软组织的晚期牙龈恶性肿瘤，应根据患者的全身情况和局部情况行扩大的根治性切除术或姑息性的非手术治疗。
下颌牙龈恶性肿瘤颈淋巴结转移率较高，在行下颌骨切除术时可考虑一并进行选择性颈淋巴结清扫术。上牙龈恶性肿瘤一般不做同期的颈淋巴清扫术，对NO期的上颌牙龈恶性肿瘤可考虑在原发灶切除后严密观察，如出现颈淋巴结转移时再进行根治性治疗也不会影响治疗效果。