色素性青光眼的治疗步骤从随访开始，必要时进行药物治疗或激光治疗，甚至手术治疗。具体如下：
一、随访
病人需要定期随访作临床检查，必要时进行适当的治疗。早期病人应至少半年1次仔细检查虹膜透照缺损的数目，观察虹膜形态。尽可能地将眼内不同区域色素程度的数据记录下来，为以后动态观察留下基数。Boys-Smith型含色素刻度的虹膜角膜角镜是有用的工具。在疾病过程中，对小梁网损害的评估主要依据眼压。若眼压上升，则小梁网损害加重；反之眼压下降，可提示色素播散停止，且小梁网没有遭到不可逆的损害。正常功能恢复时小梁网内细胞色素减轻。如果色素播散停止而小梁功能仍没有改善，则可表明小梁网发生了不可逆的损害，形成了继发性慢性开角型青光眼。
由于长期色素性青光眼引起视盘损害与慢性开角型青光眼中看到的一样。值得注意的是多数色素性青光眼病人合并近视，因此可能有特异性的近视性眼部特征。近视眼的视盘可能比正视眼或远视眼更易受升高的眼压的影响而发生损害。因此，这类病人需要更经常的检查。
二、药物治疗
在轻度病例中，使用肾上腺素β受体阻滞药或拟交感神经药物可能就足够了；而在许多严重病例中可加用缩瞳药。如果局部药物治疗无法忍受或无法控制眼压，可口服碳酸酐酶抑制药。
1、β肾上腺素受体阻滞药：即使视盘正常但眼压持续超过26mmHg，或眼压正常但已出现青光眼视盘损害，药物治疗首先从β肾上腺素受体阻滞药开始。由于β阻滞药应用方便，2次/d，降眼压效果好，副作用小，病人易于接受。例如0.25％～0.5％噻吗洛尔，1％～2％美开朗，0.25％～0.5％贝特舒等。如果β阻滞药不能忍受，或眼压不能降到足够低，可以联合其他青光眼药物同时应用。
2、α肾上腺素能受体阻滞药：α肾上腺素能受体阻滞药，抑制瞳孔扩大肌而且有缩瞳作用。
3、1％左旋肾上腺素：可单独或与缩瞳剂联合应用，常可控制眼压。但需注意眼底及全身的毒副作用的出现。
4、缩瞳药：假如需要进一步降压，则需加用缩瞳药。因患者多为年轻人，应用缩瞳药后可引起调节痉挛，产生视物模糊，常使患者难以忍受，不能正常工作。加上患者多为近视眼，在应用缩瞳药前必须检查周边视网膜，对视网膜变性和玻璃体牵拉先做预防性治疗。否则，应用缩瞳药后偶尔可导致周边视网膜裂孔和视网膜脱离。假如既往有原发性视网膜脱离病史，禁用缩瞳药。
5、碳酸酐酶抑制药：短期应用，减少急性眼压升高的危害性。如有适应证也可长期应用。
三、激光治疗
氩激光小梁成形术：氩激光小梁成形术(ALT)已被报道用于该病获得初步成功，但是与慢性开角型青光眼病人相比，大部分治疗一段时间后眼压失控。