一、中医治疗
1、内治法
湿热下注，肛门坠胀或瘙痒不适，或灼热疼痛，大便时疼痛加重，肛门潮湿；小便黄，口干口苦，苔黄腻，脉滑数。
辨证分析：湿热之邪，蕴于肠胃，下注肛门。气血不畅，则肛门坠胀，潮湿瘙痒，甚则疼痛；大便努挣，气血更加瘀滞不行，则疼痛加重；小便黄、口干口苦、苔黄腻、脉滑数等皆为湿热之象。
治法：清热利湿。
方药：止痛如神汤加减。
2、外治法
熏洗法用苦参汤煎水，先熏后洗，。
塞药法每次苦参汤熏洗后，用化痔栓塞人肛内，或用黄连素软膏涂于肛内。
二、西医治疗
1、非手术疗法
软化大便，便后及每晚用1∶5000高锰酸钾溶液坐浴，局部用消炎止痛栓剂如甲硝唑栓、复方玉红栓等。复方玉红栓每1000粒成分如下：紫草6.0g、苦参12.0g、松香30.0g、槟榔6.0g、麻油170.0g、磺胺粉25.0g、达克罗宁5.0g、可的松2.5g。
2、手术疗法
慢性或反复发作者，可在局麻下行肛瓣切除，以利引流，如有肥大肛乳头，应同时切除，然后继续非手术治疗，5～7d内用手指扩肛。
肛窦内已成脓者，或伴有肛乳头肥大、隐性瘘（内盲瘘者），宜行手术治疗。
（1）切开引流法
适应症单纯性肛隐窝炎已成脓者；或有隐性瘘者。
操作方法取截石位或侧卧位，肛周局部消毒，肛门局部麻醉，在双叶肛门镜下暴露病灶，沿肛窦作纵行切口，使引流通畅，创口用凡士林纱条压迫，术后每天便后坐浴，外涂黄连素膏或马应龙痔疮街或其他消痔膏。
（2）切除法
适应证本病伴有肛乳头肥大者。
操作方法准备同上，在双叶肛门镜下暴露病灶，将肛窦肛门办及肛乳头一并切除，用凡士林纱条压迫创面。术后每天换药一次。