念珠菌尿对于氟胞嘧啶每日50~150mg/kg每6小时1次口服治疗1~2周有效，但常常出现抵抗。在新的抗真菌衍生物中氟康唑似乎对于真菌性尿路感染最有效，因为其口服生物利用度高，每日一次剂量，进入尿和脑脊液穿透力良好。氟胞嘧啶或氟康唑200mg/d口服应给予无症状性念珠菌尿病人。
未留置导尿管的症状性膀胱炎患者可以氟胞嘧啶或氟康唑治疗1~4周。单剂量的两性霉素B0.3mg/kg静注也有很好的疗效。当长期留置导尿管时，氟胞嘧啶和氟康唑可减少真菌尿，但很少能根除。膀胱冲洗可能有效。
在患肾念珠菌病的病人中，以两性霉素B和大剂量氟康唑（≥400mg/d）治疗与白色念珠菌和热带假丝酵母菌的侵袭性感染初期治疗同样有效。甚至在开始时应用两性霉素B，口服氟康唑亦应在治疗早期取代之。然而，一些少见念珠菌种对于氟康唑不敏感。