真菌性关节炎的治疗通常使用两性霉素B静脉滴注和关节内注射，或用酮康唑、克霉唑口服。病灶清除是缩短治疗时间和治愈关节炎的重要手段。根据不同的真菌治疗情况有所不同。
1、念珠菌病治疗：首先要去除患病诱因，再用两性霉素B关节内注射和静脉滴注，或者用酮康唑、克霉素口服。此外，也可以采用手术清除关节内病灶方法来治疗。
2.、孢子丝菌病治疗：据报道碘制剂疗效较好。方法是10％碘化钾溶液，口服，每天3g，若无不良反应，可增至每天6g，疗程1～3个月。症状于用药2周左右改善，皮损消退需4～12周。两性霉素B静脉滴注或关节注射，配合以手术清除肉芽肿性滑膜效果可更好，也有用关节内碘化物注射治疗的报道。
3、芽生菌关节炎：用两性霉素B静脉滴注和关节内注射，效果非常好。
4、球孢子菌病：治疗播散性病例，强调两性霉素B或酮康唑足量使用。手术切除肉芽肿结节，可缩短病程。