慢性鼻咽炎的治疗在西医领域的治疗，主要是找出致病的原因，然后予以针对病因的治疗。而加强身体锻炼，增加营养，多饮水，提高机体抵抗力则是更为重要的“治疗”部分。局部可用1％氯化锌液涂擦，每日1次，连续2～3周。应用5％～10％硝酸银涂抹鼻咽部，每周2～3次。还可使用3％链霉素滴鼻剂和油剂(如复方薄荷油滴鼻剂、清鱼肝油等)滴鼻，除此之外也可用微波及超短波电疗等物理疗法，以改善基症状。另外，如果可能的话慢性鼻咽炎的患者可以买一个鼻腔冲洗器，简易的（也可用50ml的注射器），该仪器可重复使用，每日用生理盐水冲洗双鼻，会对慢性鼻咽炎有良好收效。除药物治疗外，根据CT扫描结果，可行鼻甲手术＋内窥镜鼻窦手术来改善鼻塞，鼻涕倒流，头痛（鼻源性头痛）。手术的具体术式和手术范围要根据CT扫描的结果来决定，因人而异。需要特别说明的是：慢性鼻咽炎一般情况下不需要使用抗生素治疗，因为慢性鼻咽炎并非细菌感染。然而，在门诊，许多确诊为慢性咽炎、鼻炎的病人坚决要求医生给予抗生素治疗，部分病人甚至自行到药房购买抗生素服用。抗生素的应用一般在医生考虑到该患者具有细菌感染的情况下才予以使用。这样滥用滥服抗生素有害而无益。重要的部分还是缓解慢性鼻咽炎的症状，以及慢性鼻咽炎的预防发生和预防反复发作方面。
