临床上对早期发现的胰腺假性囊肿应先采用内科保守方法治疗，如伴急性胰腺炎，应使胰腺处于休息状态减少胰液的外渗控制囊肿进一步发展。可以通过内镜行囊肿胃肠吻合术和内镜囊肿十二指肠吻合术治疗，特别适用于年龄较大，不能耐受手术者。对于有胃肠道压迫症状，直径>6厘米以上的特别是位置在十二指肠旁的胰头部囊肿又不适宜手术者，选择内镜治疗是较安全的。
一、外科手术治疗
胰假性囊肿的治疗以外科手术为主。假性囊肿由于常与胰管分支和功能性胰腺组织相沟通，因此往往持续存在并不断增大。除非少数小的囊肿可自行消散外，约有85％的假性囊肿是非手术治疗不可的。
1、手术时机多数认为以延期手术为宜，以便有足够的时间让囊肿壁形成成熟的纤维化包膜。过早手术常由于囊壁松脆，不能有效地缝合，术后易发生吻合处断裂。最佳的方案是在观察期内以B超随访，观察囊肿有无消散或增大。如一旦发现囊肿增大或7周后仍不能自行消散，应作手术。
2、手术方式常用的手术方式有三类：
（1）囊肿摘除术：为最理想的方法，但大都仅适用于胰尾部较小的囊肿，对大的囊肿该手术较为困难。
（2）囊肿引流术：过去认为外引流术为治疗胰假性囊肿的首选方法，但由于外引流后，胰瘘的发生率甚高，故目前多数学者渐渐趋向于内引流手术。外引流术后的并发症较多，依次为胰瘘、腹腔脓肿、胰腺炎、囊肿复发和出血。Shatney和Lillehei复习119例胰腺假性囊肿手术治疗的结果，也认为内引流术死亡率及并发症发生率均低。
内引流术中首选为囊肿-胃吻合术，本手术可使囊肿消散。对不适合囊肿-胃吻合术者，可按Roux-en-y法将囊肿引流入空肠内或十二指肠内。
（3）胰切除术：胰腺切除术常在胰腺有严重病变或恶性肿瘤时进行，可以作胰十二指肠切除术、胰体尾部切除术或全胰切除术。
二、其他引流方法
内镜下引流时，如果假性囊肿与胃壁或胸壁紧邻，正确地说，在CT或超声上囊肿壁与胃肠腔相距不超过1cm，可经内镜引流。其方法系在内镜下，应用热穿刺针或激光，穿通胃或十二指肠壁和囊肿壁，然后将鼻导管放入囊肿内进行持续引流。在内镜下作十二指肠或胃-囊肿吻合，分别于96％和100％的病例成功的进行了引流，复发率仅分别为9％和19％。有人主张取经十二指肠乳头途径，通过Vater壶腹将导管置入假性囊肿内。
三、药物治疗
生长抑素对胰外分泌具有显著抑制作用。合成的生长抑素类似品善得定（sandostatin）体内半衰期长，应用胰外瘘病人，可促进瘘管闭合。在4例假性囊肿引流后和1例胰癌切除后发生胰瘘的患者予以善得定治疗，初期50μg，一日2次，逐渐增加至150μg，一日2次，连用2～6周。治疗后第2天瘘管排液量平均减少52％，3天后减少70％，所有瘘管在7～44天内闭合，未见明显副作用。