异源内分泌综合征治疗的关键是治疗异位分泌激素的肿瘤，包括手术切除和放化疗。除根据病因治疗外，应积极根据分泌激素的不同进行对症处理。
对于异位分泌ADH的肿瘤，如病情较轻，应限制摄水量，每日应<800～1000mL，使水处于负平衡，以减少自由水过多。需要注意的是化疗需要水化或化疗导致更严重的低钠。当有严重水中毒（有抽搐、昏迷等症状）时，可考虑使用速尿等药物，同时静脉给予30g/L氯化钠溶液，以便迅速纠正血钠浓度和血浆渗透压，但必须防止诱发肺水肿。
第一型异位ACTH综合征治疗困难，预后差，确诊时往往已不能手术，仅可用联合化疗。患者易伴发感染，在化疗前尽早使用酮康唑等抑制过量皮质醇产生，以预防致命的感染；第二型多由类癌引起，恶性程度低，但也可发生纵隔和肺门淋巴结转移，在明确诊断后宜尽早手术根治。
伴瘤高钙血症一般血钙在3.5mmol/L以上，往往易发展至高钙危象，过高的血钙对患者远较肿瘤本身更具危险性，需积极抢救。低血糖急性发作时应静脉注射50％葡萄糖液，保持血糖在正常高水平为宜，无效时可肌肉注射胰高血糖素1mg，升糖激素如糖皮质激素，生长激素等可用于控制慢性低血糖的发生，一般外科手术切除肿瘤后，低血糖可自行缓解。