手术前患者应接受至少4周的抗结核药物治疗。采用结肠时应先作钡灌肠以除外结肠憩室。术前必须作尿流率检查，女性尿流率低者可采用膀胱颈扩张并于3及9点处将膀胱颈切开；男性则应于手术前3周经尿道手术将膀胱颈切开，切开膀胱颈时，应注意避免引起尿失禁。
术前要做好肠道准备工作，术前48h口服新霉素1g及甲硝唑（灭滴灵）200mg，3次/d，并于清洗结肠后留置500ml5％聚乙烯酮碘溶液（Providone-iodine），手术时只切除膀胱顶部，尽量少切膀胱，如果要作输尿管回肠吻合，吻合要在结肠膀胱吻合前施行，否则将增加手术的困难。肠切除前，静脉滴注庆大霉素160mg。术中常规用大网膜覆盖吻合口以减少合并症、漏尿。
肾和输尿管积水：肾和输尿管积水的治疗决定于引起梗阻的原因，最关键的问题是有无膀胱挛缩，如果膀胱无挛缩，而仅有输尿管口或下段狭窄，则治疗同输尿管下段狭窄。如果膀胱有挛缩，则治疗按膀胱挛缩处理。
肾、输尿管积水严重，肾功能不全或已发生无尿，挛缩膀胱不适于肠膀胱扩大术者，可采用尿流改道术，常用的尿流改道术有输尿管皮管造口术和肾造口术，手术方法比较简单，在作输尿管造口前，应用局部皮肤做成皮瓣，而不需要在输尿管中放置导管，输尿管积水过重可引起输尿管迂曲，迂曲本身又可引起梗阻，在这种情况下应切除迂曲的输尿管。输尿管皮管造口一般是永久性的，不能于改道后再恢复原状。肾造口术多为暂时性的，待切除结核肾，膀胱结核愈合后，再治疗输尿管下端狭窄性病变。肾造口术有时也可作为永久性造瘘。回肠膀胱是常用的尿流改道方法，即采用一段隔离的回肠，输尿管移植于上，并于腹壁作回肠造口引流，一般用于全身情况较好，输尿管皮管造口引流不畅的病人，在只有1个肾的情况下，回肠膀胱并不比输尿管皮管造口优越。其他尿流改道手术如输尿管结肠吻合术，由于容易产生上行感染和高氯血症性酸中毒，已不再应用。
2、预后
肾结核对侧肾积水的患者，如无膀胱挛缩，作输尿管口扩张、切开或输尿管膀胱吻合术，预后较好，如膀胱病变严重，并有肾积水、肾功能不良或继发感染，则预后不良。
早期治疗肾结核，防止膀胱发生严重结核病变，并在治疗过程中注意这一并发症的发生。则可取得较好的效果。