阿米巴结肠炎属中医学“休息痢”范畴，其发病多因饮食不洁、脾胃虚弱而致，中医治疗须 扶正祛邪、温中清肠。辩证施治，治疗方法有以下几种：
(1)方一
方药：白头翁30克、黄柏15克、黄连10克、秦皮15克、生地榆30克、枳壳15克。
用 法：水煎服，每日1剂，分2次服。
功效：清热化湿解毒。
(2)方二
方药：怀山药300克、三七25～30克、鸦胆子100～120粒。
用法：先将怀山药、三 七研为细末，每次以怀山药末30克用冷水调匀，置锅中烹为粥(须不停地用箸子搅，以免成团) ，调入三七末1.25克，并以此粥吞服鸦胆子10粒，每日2次。
功效：补益脾肾，化腐生肌。
(3)方三
方药：黄连、甘草各6克、干姜、当归、乌梅、木香各9克、阿胶12克、白芍18克、地榆炭30克、山药24克、鸦胆子30粒。
用法：水煎服，日1剂。鸦胆子以馒头皮包裹送服。
功效 ：滋阴养血，清热化湿。
(4)方四
方药：白头翁、党参、薏苡仁、茯苓各30克、黄连3克、黄柏、秦皮、赤芍、牡丹皮各15克、白术12克、甘草10克、砂仁6克。
用法：每日1剂，水煎服。
功效：补益脾胃，除湿清热 ，凉血止痢。
(5)方五
方药：肉桂、干姜各6克，白术、苍术各15克、党参、茯苓各20克、陈皮、砂仁(后 下)各10克、熟附子、木香各8克、炙荷蒂3枚、炙甘草3克。
用法：水煎服，日1剂。
功效：温补 脾胃，消积化滞。