肝囊肿既不会影响肝功能，也不会发展为肝癌，凡无明显症状或肝功能受损者可不予治疗，只要定期复查即可。 如果肝囊肿体积较大，临床症状明显，且患者对症状不能耐受，或已影响肝功能，则可手术治疗。通常采取部分囊壁切除术，或称“开窗术”，凡囊液清而无胆汁者均可切除浅表部囊壁而保留肝实质内的囊壁，使囊液引流至腹腔并由腹膜吸收；多囊肝亦可如法处理。与胆管相通者应设法封闭囊内的胆管开口，不得已时可作内引流术。伴感染者可作引流，导管吸引。也可应用经皮穿刺抽出囊液后注入无水酒精以消灭囊壁内皮的方法治疗。在超声波的引导下，将一根细细的针插入囊肿，用细针将囊肿内的液体抽出来，然后再注入纯酒精，使肝囊肿硬化闭塞。 对于孤立性肝囊肿除非发生囊肿破裂、囊蒂扭转或囊内出血等并发症，进行紧急手术治疗外，择期手术需要根据囊肿的大小、部位和病人的全身情况和自觉症状而定。手术治疗，将囊肿连同囊肿的膜一起摘除，可解决病人的疼痛。 多囊肝通常应采取非手术治疗，由于其病变累及整个肝脏，除非采用肝移植，否则不能根治本病。多囊肝一旦由于肝肿大压迫胸腹部影响呼吸循环时，需考虑手术减轻压力。 大的肝囊肿有症状出现者最好施行手术治疗，因为穿刺抽液等保守疗法一般容易复发，并且带来细菌污染可能。然而，可根据具体条件用以下手术方法： 1.肝切除术； 2.囊肿切除术； 3.囊肿开窗术或囊肿大部切除术； 4.囊肿内引流术； 5.囊肿穿刺抽液及硬化术。 多囊肝的手术：除非病变局限于肝的一叶，且伴有症状；或疑有恶变者，一般多不主张手术治疗。多囊肝当发现其中个别囊肿增大迅速，压迫邻近脏器，严重影响病人日常生活或心肺功能时，可以对较大的囊肿进行反复穿刺抽液。如果病人全身情况良好，肝功正常，也可作开窗术，以减轻压力，缓解症状，促使肝细胞再生。有条件者可进行肝移植，以彻底根治本病。 多囊肝合并多囊肾的治疗：多囊肝的治疗参照以上方案。多囊肾没有症状时，可观察并定期复查肾功能。若出现症状(如腰痛、血尿、高血压、肾功能衰竭等)，则需要手术治疗，包括穿刺或切开囊肿，降低囊肿压力，有时可以延缓病变的进展和肾功能衰竭，必要时进行透析疗法。根治的方法需要肾移植。 创伤性肝囊肿如果没有感染或胆汁潴留，可以自行吸收。否则需要做穿刺引流或手术引流。炎症性肝囊肿需要手术治疗原发病如胆管结石、胆道狭窄等。肿瘤性肝囊肿常常需要手术进行切除。肝包虫性囊肿需要手术治疗。先天性肝囊肿绝大部分都不需要处理，只需要定期观察。一部分生长较快、囊肿较大、伴发感染、出现症状者需要处理。
