脑膜炎的治疗可分为一般性治疗、药物治疗、恢复期的治疗等，不同的治疗阶段采取的治疗方法也有区别。
一般治疗 充分营养供给，保持水电解质平衡，纠正酸碱代谢紊乱，昏迷患儿可鼻饲或静脉营养，要注意褥疮护理。保持呼吸道通畅，维持呼吸、循环功能；必要时气管插管、机械通气。并积极降低颅内压。不能排除细菌性脑膜炎时，应给予适当抗生素治疗。
药物治疗 药物治疗有对症治疗、抗病毒治疗等。对症治疗 控制惊厥，发作时可予地西泮注射液，每次静脉推注0.05~0.1mg/kg，总量不超过4mg，维持量用苯巴比妥，每次5mg／kg，每日2－3次，疗程控制在1周内，恢复期可用神经营养药物如脑活素、胞二磷胆碱、1.6-二磷酸果糖、ATP、辅酶A、维生素C、神经生长因子、神经节苷脂等。抗病毒治疗 一般病毒性脑膜炎和病毒性脑炎有自限性，不必特殊用药。肠道病毒所致中枢神经系统感染可用利巴韦林静脉滴注，每日15mg/kg。如有单纯性疱疹病毒、水痘一带状疱疹病毒感染证据，首选阿昔洛韦，每次10mg／kg，每8小时静脉滴注一次，每次应在1小时内滴完，疗程1～2周。单纯性疱疹病毒、EB病毒感染可用更昔洛韦每日6～8mg/kg，分2次静脉滴注，疗程2周。巨细胞病毒感染可用更昔洛韦或膦甲酸钠，更昔洛韦每日10mg/kg，分2次静脉滴注，用14天后改为每日5mg/kg，每日1次静脉滴注，用6周。严重巨细胞病毒感染可用膦甲酸钠，每日180mg／ kg，分3次静脉滴注，用14天改为每日90mg/kg，每日1次静脉滴注，用6周。其他抗病毒药可用干扰素、阿糖腺苷等。对严重患儿可同时应用免疫球蛋白，每日400mg／kg，静脉滴注，用3～5天。
恢复期治疗 对恢复期患儿或有后遗症者，可进行康复治疗。根据具体情况及时进行主动或被动功能锻炼、针灸、按摩、高压氧治疗等。