急性肺脓肿常为混合感染，包括需氧和厌氧的革兰阳性与阴性球菌与杆菌，其治疗方法如下：
1、抗感染治疗
急性肺脓肿的治疗，原则上应根据细菌学和药敏试验结果选用抗生素。可先用青霉素、阿米卡星，待细菌学和药敏报告后再调整用药。合并厌氧菌感染者可加大青霉素G剂量或加用林可霉素、甲硝唑口服，严重者可静滴头孢西丁等。在全身用药基础上可行局部治疗，如经鼻导管或经纤支镜气管内滴药等，阿米巴肺脓肿应用甲硝唑等抗阿米巴治疗。
2、体位排痰和药物祛痰
根据脓肿部位和病情采取体位引流，给予祛痰药物口服，如必嗽平、沐舒痰等，必要时行超声雾化。
3、经纤支镜冲洗
脓痰较多或有明显痰液阻塞征象者可行纤支镜冲洗和吸引。加强支持治疗，必要时少量多次输血。
4、外科治疗
经内科常规治疗3个月以上咳脓痰、脓腔无明显改变者，或合并威胁生命的大咯血或不能与肺癌等鉴别时可行手术治疗。