根据是否为炎性病变，颅内静脉窦血栓形成的治疗分别为：
一、炎性血栓
积极处理感染灶，对患者血及脑脊液进行细菌培养选择敏感易通过血-脑脊液屏障的抗生素对病原菌不清楚者应联合应用抗生素。热退之后还应继续使用足够时间抗生素，一般抗生素应用时间不应少于1个月。
二、非炎性血栓
1、外科治疗：直接进行静脉窦血栓摘除术球囊血管成形术及支架置入术等。
2、内科治疗：主要原则是抗凝治疗及溶栓治疗。但给药物的途径剂量、时间、联合用药及其对血流再通的作用及副作用等尚无统一认识。
（1）抗凝治疗：已普遍应用并公认为是一种有效的方法，无论有无出血性梗死都应进行抗凝治疗。
普通肝素（SH）：用量和给药途径原则上，应根据血栓大小、范围有无并发、颅内出血等综合考虑。一般首剂静脉注射3000～5000U，之后2。5万～5万U/d持续静脉滴注1天，检测2次部分凝血激酶时间（PTT）和纤维蛋白原水平。PTT延长2倍但不超过120s，疗程7～10天。
低分子肝素（LMWH）：能够抑制凝血过程中的中心环节Xa因子活性对体内、外动、静脉血栓形成均有抑制作用，对凝血及纤溶系统的影响很小，不需监测PTT出血并发症发生率极低，推荐剂量为4。1ku2次/d皮下注射，根据神经功能恢复状态和血流再通情况，决定用药疗程。一般用7～10天，而后改为华法林（华法令）维持治疗。
（2）溶栓治疗：常采用经股静脉路径进行选择性插管，能较迅速进入到静脉窦或颅内静脉，与经前囟穿刺经额钻颅或切开穿刺相比，具有损伤小、成功率高、治疗后血管再通率高等优点。神经功能恢复与血流再通相一致。治疗前有出血性梗死者，治疗后出血范围未扩大。
溶栓药物有尿激酶（UK）、链激酶（SK）或阿替普酶（重组组织型纤溶酶原激活物）。尿激酶（UK）对血栓的特异性溶解作用差溶栓需要时间长（平均71h），用量大（平均614万U），全身出血性并发症发生率高；阿替普酶（rt-PA）对血栓的特异性高，直接作用于血凝块，避免低纤维蛋白原血症，全身出血并发症少，溶栓需时间短（平均29h），用量小（平均43mg），但两者之间的疗效和安全性缺乏交叉对照研究。
（3）联合用药治疗：多采用血管内溶栓合用肝素治疗方法，目的在于加强溶栓剂的溶栓效果和减少溶栓剂用量，预防血栓复发。具体治疗方法是在血管内用阿替普酶（rt-PA）溶栓的同时加用LMWH皮下注射，直至血流再通或神经功能恢复维持抗凝，采用口服华法林（华法令）时间在10周以上。