一、抗真菌治疗
1、二性霉素-B及其脂类制剂
(1)、二性霉素-B 现仍为当前临床上首选常用药物。每次剂量为0.1mg～0.25mg/kg， 经注射用水或5％葡萄糖液稀释(不用生理盐水稀释，以免引起沉淀)至每毫升含药0.1mg后，一日或隔日静脉缓慢滴注一次，并可据情逐渐加量至每次1mg/kg。对重症病人还可间隙地加用脊髓腰大池穿刺和脑脊液体外持续引流、冲洗及注药治疗，一般不宜超过两周，并要加强预防医源性感染为要。
(2)、二性霉素-B脂质体 如二性霉素-B疗效欠佳或病人难以耐受时，可改用二性霉素-B脂质体，首次1mg(kg/d)静脉滴注(至少一小时以上)，次日可考虑增至3mg(kg/d)，如病情需要切能耐受者6mg(kg/d)继续应用。 因其毒副反应较二性霉素-B轻且易通过血脑屏障而具有一定临床应用优势，但药液需通过输液管内过滤膜后方可给予。
(3)、二性霉素-B胆固醇复合体 成人和儿童剂量均为一日3-4mg/kg，一日一次静脉滴注。应用时先用灭菌注射用水溶解，再加5％的葡萄糖液稀释至0.6mg/ml，以每小时1mg/kg速度静脉滴注。
2、三唑类抗真菌药物 常用的第一代的三唑类抗真菌药物有氟康唑、咪康唑和伊曲康唑。第二代三唑类抗真菌药物有伏立康唑、泊沙康唑和拉夫康唑等药物，克服了第一代三唑类药物抗菌谱窄、生物利用度低及药物相互作用和耐药性等问题,为临床治疗提供更多的选择。先分述如下：
(1)、 氟康唑(大扶康) 日剂量为200 mg～400mg，一次口服或溶于生理盐水中静脉滴注，直至脑脊液检查连续3次呈阴性时为止，但根据临床体验一般疗程不得少于7周-8周。此药能通过血脑屏障，故一般无需进行鞘内注药;如病情需要，亦可同时每3天经腰椎穿刺鞘内缓慢注入用脑脊液稀释的氟康唑20mg，以提高疗效。
(2)、咪康唑 日剂量为15mg/kg，加入5％葡萄糖液500ml中缓慢静脉滴注持续4周～6周。因此药通过血脑屏障较差，故同时须加用咪康唑20mg(用脑脊液多次反复稀释)隔日鞘内缓慢注射1次。由于其毒性作用较大，现已被临床医生弃用。
(3)伊曲康唑 200mg日服2次，持续2月至一年。因其单独应用疗效欠理想，而现多作为辅助药或疗效巩固药应用。
(4)、伏立康唑 (Voriconazole) 其治疗机制是抑制真菌中由细胞色素P450 介导的14α-甾醇去甲基化，抑制麦角甾醇的生物合成，从而具有较好的广谱抗真菌作用。本品可经静脉缓慢滴注(须维持在1 至2 小时以上)或口服给药，静脉滴注和口服两种给药途径可以互换，但不宜静脉推注。药物可在静脉滴注或口服后96 小时内经尿排出。
(5)、拉夫康唑(voriconazole)和泊沙康唑 据文献介绍其抗真菌谱较广，疗效较高，不良毒副反应较少较轻，将成为临床上乐用的新抗真菌药。但二药尚未在我国上市，其价格甚贵(1450元人民币/支)，一日需用1~2支，国内广泛开展应用目前暂时还可能存在一定困难。
(6)醋酸卡泊芬净(Caspofungin Acetate ) 为新一类抗真菌药物，可单独或合用于对上述药物疗效欠佳的重症病人。
二、对症治疗
1、降颅压 可及时给予甘露醇、速尿等脱水利尿剂，梗阻性脑积水者可作脑室穿刺、冲洗、引流和给药，但应与鞘内给药相间进行。
2、防治伴发病和并发症 在加强呼吸道、口腔和泌尿道感染等的防治同时，还应注意早期发现和早期治疗易与本病伴发的结核病和弓形虫病等二重或三重感染性疾病。
3、支持疗法 给予高蛋白、高热能、多维生素饮食，有关微量元素和营养代谢药(如阿达美、辅酶A、辅酶Q-10、万爽力和ATP等)，保持水、电解质平衡，以增强体质和抗病能力。
4、神经保护剂治疗 可选用胞二磷胆碱、脑多肽、施捷因(GM-1)、神经生长因子、都可喜等药物，以减轻和减缓神经细胞的死亡和凋亡。
5、免疫增强剂治疗 此类病人的细胞和体液免疫功能往往低下，久病后还可出现继发性补体缺陷，因此应据情给予日达仙、康力龙和/或新鲜血浆治疗，以利增强免疫功能。
三、手术治疗
对较大脑脓肿或肉芽肿者可予手术治疗。
四、康复治疗