针对阿米巴痢疾，中医治疗上以导滞、行气、和血为原则。初期属湿热证，所谓“利无止法，以通为止”。后期属虚证或虚中挟实证，以攻补兼施，或温补收涩为主，不可过于苦寒，损伤脾胃。若病情危重者，属内闭外脱者，急宜回阳救脱，积极抢救。
(1)湿热阻滞
症状：腹痛、腹泻，下痢脓血，黏液.呈暗红色果酱样，腐败恶臭，肛门灼热，小便短赤，苔黄腻，脉滑数。
治法：清热除湿，行气活血。
方药：白芍12克、当归10克、木香10克、槟榔10克、连翘10克、黄连10克、生大黄8克、肉桂3克、生甘草6克、鸦胆子5克。
(2)疫毒蕴肠
症状：下痢鲜紫脓血或血水，腹痛剧烈，或壮热口渴，头痛烦躁，舌质红绛，苔黄燥，脉滑数。
治法：清热凉血，解毒化浊。
方药：白头翁10克、黄连10克、黄柏10克、秦皮10克、鸦胆子5克、黄芩10克、金银花12克、地榆10克、牡丹皮10、血竭3克。
(3)热毒炽盛
症状：大便脓血，恶臭难闻、腹痛、腹中结块，疼痛拒按，寒战高热，舌红苔黄腻，脉滑数或弦数。
治法：清热解毒，活血排脓。
方药：金银花10克、赤芍10克、当归10克、黄连10克、黄芩10克、木香10克、栀于10克、甘草6克、蚤休10克、败酱草12克、薏苡仁10克。
(4)虚寒下痢
症状：久痢不愈，痢下稀薄，带有白冻，黏液腐臭，或滑脱不禁，或腹部隐痛，食少纳呆，神疲，乏力，舌淡苔薄白，脉沉细。
治法：温补脾肾，收涩固脱。
方药：人参6克、白术10克、诃于6克、罂粟壳6克、肉桂3克、当归10克、自芍10克、木香10克、肉豆蔻10克、炮姜6克、生甘草6克、石榴皮10克、神曲10克。