对小而深藏肝内的肝包虫囊肝可严密随访，定期超声检查，如增大至接近肝表面时，可手术治疗。而内囊摘除为最常用术式，其要点为：
①暴露包虫囊肿需认真保护伤口与周围脏器，避免囊液的污染、头节种植、与过敏反应。
②切开囊腔前应逐步减压，通过穿刺吸取囊液尚可辨别是否合并感染或胆瘘。
③杀灭头节，传统方法在减压后注入10％甲醛溶液或3％过氧化氢，5分钟后再进一步抽空囊液。但亦有人认为此法并不能保证头节的杀灭，因囊液的稀释使药效降低，曾有报告使用甲醛引起急性中毒或后期胆管炎的并发症；此外，如有多数囊肿者则难以奏效。
④切开外囊前可进一步抽空囊液，使内囊与外囊分离。保证吸引器通畅，必要时使用2～3个吸引器，对大而张力大的囊肿排液极为重要。然后切开外囊，摘除内囊，再以过氧化氢或甲醛稀液涂拭外囊内壁，盐水纱布擦净。
⑤消灭残腔可用外囊囊壁内翻缝合或带蒂大网膜填塞。但处理残腔前需认真检查有无胆瘘并加以封闭。
对合并感染者需作引流术。肝切除术很少应用，仅适于个别病倒，如估计囊壁厚、钙化而内囊不易摘除者，局限于一叶的多个包虫囊肿，估计引流后残腔或窦道难以愈合者。