卵巢巧克力囊肿的病因尚未清楚,但与人工流产为主的宫腔手术有着密切关系。由此可见,预防巧克力囊肿的关键在于,如何避免子宫内膜异位症的发生。根据与子宫内膜异位症发病有关的“危险因素”,应从以下几方面采取预防措施:
其一，注意调整情绪,保持乐观开朗的心态,使机体免疫系统的功能正常。注意自身保暖,避免受寒着凉。
其二，避免在临近月经期进行妇科双合诊，以免将子宫内膜挤入输卵管，引起腹腔种植。同时经期禁止一切剧烈活动、性生活及重体力劳动。月经期要做好自身保健,注意控制自己的情绪,不要生闷气,否则会导致内分泌的改变；
其三，如已查出患有子宫内膜异位症,巧克力囊肿大于6cm以上者,在月经期或月经中期,一定要注意保持情绪稳定,避免过度劳累,一旦囊腔内张力突然升高时,囊壁破裂,会形成急腹症；
其四，妇科手术尽量避免接近经期施行，必须进行时，术中操作要轻柔，避免用力挤压宫体，否则有可能将内膜挤入输卵管、腹腔。尽量少做人工流产和刮宫,做好计划生育；
其五，及时矫正过度后屈子宫及宫颈管狭窄，使经血通畅，避免淤滞或引起倒流；
其六，严格掌握输卵管通畅试验（通气、通液）及造影的操作规程，不可在月经刚干净或直接在刮宫这一周期进行，以免将内膜碎片经输卵管压入腹腔；
其七，剖宫产及剖宫取胎术中应注意防止宫腔内容溢入腹腔，在缝合子宫切口时，勿使缝线穿过子宫内膜层，缝合腹壁切口前应用生理盐水冲洗，以防内膜种植；
其八，晚婚的妇女，尤其伴有痛经者，应尽早生育，若婚后一年仍无生育应到医院行不孕症的有关检查。