冠状动脉瘘一经确诊均应手术治疗。随着年龄增长，病人出现并发症较多，例如充血性心力衰竭、细菌性心内膜炎，心肌梗死或瘘管破裂，剧烈运动中不明原因的猝死等，故应在儿童期手术治疗。本病在预防上，应遵循以下方法：
1、针对其可能的各种致病因素进行预防。
大力提倡优生优育；妊娠早期避免病毒感染；减少子宫受不良物理和化学因素的影响；必要时进行产前遗传学或染色体检查，防患于未然。
2、治疗据病情而定。
分流量小，无临床症状者，可不必手术治疗，但需预防感染性心内膜炎；有症状者一般主张尽早手术，结扎或修补瘘口，亦可将永久性栓堵药物经导管注入将瘘口阻塞，术后症状可望缓解；对因某些原因不宜手术者，可采取药物对症治疗。