用药：推荐多西环素100mg2次/d或阿莫西林500mg3次/d，疗程1～2月。
多数病例都能收效，但完全恢复可能要到治疗结束后3月或更长时间;有些病人以后发生神经病变。治疗期间，应让受累关节休息，关节渗液像任何关节感染一样，也应穿刺抽吸。经过一个以上抗生素疗程仍未收效的病例，关节镜下滑膜切除术(arthroscopic synovectomy)可能取得长期缓解甚至根治。不过即使不作抗生素及手术治疗，持续性莱姆关节炎亦可在数年内消失。
莱姆病较晚期神经合并症的最佳疗法现亦未详，推荐疗法是头孢曲松或青霉素28天静脉注射(表3)。隐性慢性脑病和末梢神经病发生率，仍有争议。如疑有这类病变，应先由神经、神经精神及电生理测试等检查，精心确诊，再来安排严峻或长期抗生素治疗。
棘手病例
用药：现在有人倡用最高可耐受口服剂量的阿莫西林(加丙磺舒)、多西环素甚至抗生素静脉注射的长期疗法，但治疗莱姆病任何证候，疗程1月以上的抗生素疗法，都还缺乏对照经验。
慢性萎缩性肢端皮炎的浸润性损害
用药：青霉素V1g3次/d或多西环素100mg2次/d，疗程30天，一般皆可治愈。
慢性移行性红斑
用药：成人多选用多西环素100mg，2次/d，疗程10天。如症状持续存在或反复，则可延长用药至20天，儿童和孕妇禁用。或采用阿莫西林500mg，每天4次(儿童按每天50mg/kg计算)，10天为一疗程。对上述药物过敏者，可用红霉素250mg，4次/d，疗程同前。克拉霉素或阿奇霉素亦可酌情选用。约15％的患者在治疗之初24h发生赫氏反应。
硬蜱叮咬的治疗对于在疫区遭受硬蜱叮咬者抗生素预防性应用，迄今为止完成的研究，都未为这种通常作法提供支持。观察到蜱叮咬，就能使少数将要发生EM的病人得到极早期治疗，这是莱姆病最易治疗的时期。由于硬蜱若虫一般至少须就食48小时，才能传播螺旋体，因此如在这之前清除，即使已受感染，也不可能传播伯氏疏螺旋体。蜱叮咬处应注意发生EM，并向病人交待早期莱姆病的常见症状。