复旦大学公共卫生学院余宏杰教授团队发表在《柳叶刀公共健康》杂志的文章提到，在2010年~2015年，全国平均每年有8.8万例流感相关的超额呼吸死亡，占所有呼吸死亡的8.2%。目前正流行的H1N1甲流的超额呼吸死亡率是1.6/100000人，而乙型流感是2.3/100000人，H3N2甲流则有2.6/100000人。
2019年，时任中国疾病预防控制中心传染病处呼吸道传染病室主任的冯录召曾向新华网表示，目前统计的发病和死亡人数不能完全反映流感的真实水平，获得诊断的流感患者要少于实际发病人数。同时，还涉及到流感致亡的死因归因问题。
“准确的结果需要加强对呼吸道疾病就诊病人的流感病毒检测，但当前各地检测能力和范围仍有待提高。”魏晟告诉八点健闻。
我国目前针对流感有两套监测系统，一是2003年SARS之后建立起来的全国传染病信息直报系统，二是2004年正式创建的中国流感监测网络。前者是全国通用，后者则覆盖至408家网络实验室和554家哨点医院。
一位中疾控内部人士向八点健闻透露，早在新冠之前，中疾控就开始对内建数据系统自查自清，发现很多严重问题。两套流感系统自上而下互相独立，数据不共通，互相打架，造成极大浪费。
魏晟也表示，我国现有的流感监测受监测范围和检测能力的限制，对估计流感的疾病负担仍与国际前沿存在差距。
而对两套系统的一线使用者——医生而言，流感数据需要严格上报，落实起来比较麻烦。
“和新冠相比，流感只是季节性流行病，医生不是很当回事。上报没有意义，向疾控上报任何数据都很麻烦，增加无谓的工作量。”一位来自南方沿海省份的医院大夫告诉八点健闻。
徐州医科大学附属医院呼吸科主任季磊表示，在2019年之前，流感患者大部分在门诊治疗，上报系统的不是很多。新冠疫情后，医院管理非常严格，门诊、病房都有传染病强制上报的双系统，有流感相关诊断如果不上报，页面填写便无法结束。
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