以睾丸为生殖轴心的病因分类，可分为睾丸前性病因、睾丸性病因和睾丸后性病因。

(一)睾丸前性病因

1、下丘脑病变;2、垂体病变;3、外源性或内源性激素水平异常。

(二)睾丸性病因

1、染色体异常;2、XYY综合征;3、氏综合征(男子综合征);4、肌紧张性营养不良(萎缩性肌强直);5、双侧无睾症(睾丸消失综合征);6、选择性细胞综合征(生*胞发育不全);7、性腺毒素;8、睾丸炎;9、外伤;10、全身性疾病，如肾衰、肝硬化、镰状细胞病等。11、雄激素合成或效应障碍;12、隐睾症;13、精索静脉曲张。

(三)睾丸后性病因

1、精子运输障碍;2、精子活动力或功能障碍;3、性功能障碍;4、感染。

按影响男子生育环节的病因分类，可分为：1、睾丸造精功能障碍;2、免疫反应;3、精子输送障碍;4、附属性腺病变;5、*官畸形;6、性功能障碍。

此外，也有学者将男性不育症的病因学分为十一类：1、先天性发育异常与不育;2、遗传性疾病与不育;3、内分泌异常与不育;4、免疫功能障碍与不育;5、理化因素与不育;6、生殖道感染与不育;7、输精道梗阻与不育;8、精索静脉曲张与不育;9、性功能障碍与不育;10、男性不育的精神心理因素;11、纤毛不动综合征。

综合以睾丸为生殖轴心的病因分类，按影响男性不育环节的病因分类，据引起男性不育因素的病因分类，各有千秋，都有其依据和可取之处。不管如何进行病因分类，重点在于阐明导致男性不育的作用机理，指导科学正确的临床诊治。在男性不育的发病病因中，比较常见的病因有精索静脉曲张所致的不育约占男性不育门诊患者的四分之一;免疫性异常所致不育;内分泌异常所致不育，先天性或遗传因素所致不育，感染因素所致不育。此外，性功能障碍所致不育，理化因素所致不育亦较常见。