一、血清肿瘤标记物
囊腺癌患者血清CAl9-9可能明显升高，手术切除后下降，肿瘤复发，转移，可再度升高，CAl9-9可作为囊腺癌术后检测复发的指标，囊腺瘤患者，血CEA，CAl9-9基本正常。
二、囊液分析
术前或术中抽吸囊液做酶学，癌标和细胞学检查有鉴别诊断价值，获取囊液的途径有B超引导下经皮细针穿刺，术中穿刺抽吸，ERCP时经十二指肠穿刺抽吸和腹腔镜检查并穿刺抽吸。
1、细胞学检查：该方法对诊断黏液性肿瘤价值较大，若囊液涂片观察到含有糖原的黏液或黏液细胞，即诊断黏液性囊性肿瘤，诊断黏液性囊腺瘤的敏感性54％～87％，黏液性囊腺癌50％～75％，发现恶性肿瘤细胞即确诊，由于肿瘤仅可能局部恶变，没有阳性发现不能排除囊腺癌，约60％的浆液性囊腺瘤和有退行性变的囊性肿瘤囊液可能无脱落的上皮细胞，因此，当囊液呈炎性表现而无上皮细胞时并不能鉴别假性囊肿和囊性肿瘤。
2、淀粉酶：假性囊肿淀粉酶均升高，囊性肿瘤一般不与主胰管相通，囊液淀粉酶不升高，有一定鉴别意义，但是，当肿瘤的囊腔与胰管相通时，囊液淀粉酶可升高，Lewandrowski等报道的囊液淀粉酶，假性囊肿为543～36610U/L，囊性肿瘤为44～34400U/L，其中43％淀粉酶水平与假性囊肿有重叠，只有当淀粉酶很低时才可能提示囊性肿瘤，故根据囊液淀粉酶鉴别假性囊肿与囊性肿瘤并不可靠。
3、糖类抗原：囊液中的肿瘤标记物不同于血清中的肿瘤标记，其特点是特异性明显增高，多糖类抗原，如CEA，CAl5。3-CA72-4-CAl25在20世纪80年代中期研究较多，Pinto等报道的囊液CEA水平，黏液性囊腺瘤为22ng/ml，黏液性囊腺癌为141ng/ml，明显高于假性囊肿3.2ng/ml和浆液性囊腺瘤8.2ng/ml；Lewandrowski认为，当CEA〉26ng/ml时，即提示为黏液性肿瘤，但不能鉴别良恶性，这并不重要，因为黏液性囊腺瘤和囊腺癌均需切除，CAl5.3-CA72-4鉴别黏液性囊腺癌的价值优于CEA，CAl5.3〉70U/L，诊断囊腺癌的特异性可达100％，CA72-4〉70U/L，囊腺癌即能与囊腺瘤和假性囊肿相鉴别，CA72-4〉150U/L时，诊断囊腺癌的特异性和敏感性可达100％。
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