腰痛-血尿综合征的病因，有学者认为心理因素起一定作用。最近Lucas等人报道，一组LPHS患者与一组肾结石患者进行比较，发现医学上不能解释的躯体症状的发生率在LPHS组是对照组的3倍(P<0.01)，常规服用止痛药的比例亦高于对照组(P<0.01)。15例有8例腰痛的发生与对患者生活影响较大的心理作用有关，而对照组的发病无一例与心理因素有关(P<0.02)。LPHS患者比对照组更常回忆起父母的严重疾病和儿童时代的伤残(P<0.001)，并觉得对引起或减轻父母疾病或痛苦应负有责任(P<0.05)。Lueas等认为心理因素在LPHS的病因学中占有主要地位。
LPHS发病机制目前尚未完全明了，可能由影响肾内血管的疾病引起，且肾内血管是肾实质中惟一含有疼痛敏感神经纤维的组织。血管病变的性质未明。有如下证据支持血管内凝血作为原发和继发的病理改变，如上所述的血管病理学改变、血小板的活化、纤维蛋白的沉积及溶解、内皮细胞没有足够的血供来产生前列环素、Ⅻ因子的缺乏等。Leaker等在20个LPHS肾活检中发现，有13个与服用环孢素A患者的肾活检的组织学改变相似，进一步提示血管痉挛可能是原发的病理改变。
许多年轻的LPHS女患者发病前服用过含雌激素的避孕药。雌激素可影响血小板功能及纤溶系统。个别行卵巢切除术后的病例的每次发作，均与雌激素替代疗法有关。因此，一度认为雌激素在LPHS的发病机制中起一定作用。Woolfson等对LPHS患者进行了输尿管蠕动方面的研究，但并无发现有较多尿路蠕动问题。总之，目前对LPHS发病机制尚需进一步研究，多数学者认为与肾内凝血机制异常和血管痉挛有关。